Question

我在Python 3中复制了一小块Sugarscape代理仿真模型。我发现我的代码性能比NetLogo慢约3倍。它可能是我的代码的问题，还是它可能是Python的固有限制？

显然，这只是代码的一个片段，但是Python花费了三分之二的运行时间。我希望如果我写了一些非常低效的东西，它可能会出现在这个片段中：

UP = (0, -1)
RIGHT = (1, 0)
DOWN = (0, 1)
LEFT = (-1, 0)
all_directions = [UP, DOWN, RIGHT, LEFT]
# point is just a tuple (x, y)
def look_around(self):
    max_sugar_point = self.point
    max_sugar = self.world.sugar_map[self.point].level
    min_range = 0

    random.shuffle(self.all_directions)
    for r in range(1, self.vision+1):
        for d in self.all_directions:
            p = ((self.point[0] + r * d[0]) % self.world.surface.length,
                (self.point[1] + r * d[1]) % self.world.surface.height)
            if self.world.occupied(p): # checks if p is in a lookup table (dict)
                continue
            if self.world.sugar_map[p].level > max_sugar:
                max_sugar = self.world.sugar_map[p].level
                max_sugar_point = p
    if max_sugar_point is not self.point:
        self.move(max_sugar_point)

大致相当code in NetLogo（这个片段比上面的Python函数多一点）：

; -- The SugarScape growth and motion procedures. --
to M    ; Motion rule (page 25)
    locals [ps p v d]
    set ps (patches at-points neighborhood) with [count turtles-here = 0]
    if (count ps > 0) [
        set v psugar-of max-one-of ps [psugar]              ; v is max sugar w/in vision
        set ps ps with [psugar = v]                         ; ps is legal sites w/ v sugar
        set d distance min-one-of ps [distance myself]      ; d is min dist from me to ps agents
        set p random-one-of ps with [distance myself = d]   ; p is one of the min dist patches
        if (psugar >= v and includeMyPatch?) [set p patch-here]
        setxy pxcor-of p pycor-of p                         ; jump to p
        set sugar sugar + psugar-of p                       ; consume its sugar
        ask p [setpsugar 0]                                 ; .. setting its sugar to 0
    ]
    set sugar sugar - metabolism    ; eat sugar (metabolism)
    set age age + 1
end

在我的计算机上，Python代码需要15.5秒才能运行1000步;在同一台笔记本电脑上，浏览器内部用Java运行的NetLogo仿真在不到6秒的时间内完成了1000步。

编辑：刚刚使用Java实现检查了Repast。它也与NetLogo大约相同，为5.4秒。 Java和Python之间的Recent comparisons表明Java没有优势，所以我想这只是我的代码应该归咎于什么？

编辑：我理解MASON应该比Repast更快，但它最终仍然运行Java。

Answer 1

这可能不会带来显着的加速，但你应该知道，与访问全局变量或属性相比，Python中的局部变量要快得多。因此，您可以尝试将内部循环中使用的一些值分配给本地，如下所示：

def look_around(self):
    max_sugar_point = self.point
    max_sugar = self.world.sugar_map[self.point].level
    min_range = 0

    selfx = self.point[0]
    selfy = self.point[1]
    wlength = self.world.surface.length
    wheight = self.world.surface.height
    occupied = self.world.occupied
    sugar_map = self.world.sugar_map
    all_directions = self.all_directions

    random.shuffle(all_directions)
    for r in range(1, self.vision+1):
        for dx,dy in all_directions:
            p = ((selfx + r * dx) % wlength,
                (selfy + r * dy) % wheight)
            if occupied(p): # checks if p is in a lookup table (dict)
                continue
            if sugar_map[p].level > max_sugar:
                max_sugar = sugar_map[p].level
                max_sugar_point = p
    if max_sugar_point is not self.point:
        self.move(max_sugar_point)

Python中的函数调用也具有相对较高的开销（与Java相比），因此您可以通过使用直接字典查找替换occupied函数来尝试进一步优化。

您还应该看看psyco。它是Python的即时编译器，可以在某些情况下显着提高速度。但是，它还不支持Python 3.x，因此您需要使用旧版本的Python。

Answer 2

我猜想在NetLogo中实现neighborhood的方式与你所拥有的双循环不同。具体来说，我认为他们预先计算了像

这样的邻域向量

n = [ [0,1],[0,-1],[1,0],[-1,0]....]

（你需要一个不同的视觉= 1,2，...），然后在n上使用一个循环，而不是像你正在做的那样使用嵌套循环。这消除了乘法的需要。

我认为这不会让你获得3倍的加速。

Answer 3

这是一个老问题，但我建议您考虑使用NumPy来加速您的运营。您使用以逻辑方式组织的dicts和列表（1,2,3或N维网格）同源数据对象（所有整数或所有浮点数等）的位置在表示和访问Numpy时将具有更少的开销阵列。

http://numpy.org

Answer 4

这是NetLogo和Repast的一个版本的相对最新比较。我不一定认为Repast更快。 NetLogo似乎包含一些非常智能的算法，可以弥补它的成本。 http://condor.depaul.edu/slytinen/abm/Lytinen-Railsback-EMCSR_2012-02-17.pdf

基于代理的仿真：性能问题：Python与NetLogo＆amp;餐饮

4 个答案: