R查询从列中逐行发布并返回另一列中的所有结果PMID

Question

我想生成如下的数据框;

enter image description here

所以，我有一个名为'Query'的列，其中包含要在Pubmed中搜索的关键字行。如果您直接在Pubmed中搜索这些关键字，则会生成100多个结果。我想要在“结果”列中检索结果的所有PMID。目前我正在使用以下基于'easyPubMed'包的代码;

ids <- map(pmiddata[,"Query"],get_pubmed_ids)
for (i in 1:length(ids)) {
pmiddata[i,"Result"]<- paste(ids[[i]][["IdList"]],collapse = ",")
}

但是，此代码检索每个查询最多20个结果。我读到'get_pubmed_ids（）'函数只能返回20个结果。

有人能建议这个问题的答案吗？

Answer 1

我假设你正在使用easyPubMed套餐。文档似乎表明最大ID检索为20。 也许你可以尝试RISmed包。 EUtilsSummary允许使用retmax值来控制结果数量。