如何使用MacOS X Automator从.Rmd文件渲染PDF文档?

时间:2018-02-28 22:55:26

标签: r shell pandoc automator macos-high-sierra

我正在尝试自动化从R Markdown文件生成PDF的过程。我可以从终端运行以下命令,它可以工作:

Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'

但是在Automator中使用与shell脚本相同的命令给了我一个错误,即Rscript是一个未知的命令。我通过指定它应该查找Rscript的位置来修复它,然后通过指定pandoc的位置来确定需要pandoc的另一个错误,但是它给了我一个关于需要xelatex的错误,我已经安装了,但我无法弄清楚如何告诉Automator哪里可以找到xelatex。这是我正在尝试运行的脚本:

/usr/local/bin/Rscript -e 'library(rmarkdown); 
Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc"); 
rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'

以下是错误消息:

pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

xelatex位于/usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-darwin

我正在运行MacOS 10.13.3,R版本3.4.3和Automator版本2.8。任何帮助将不胜感激!

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