Question

我想在我的ggplot上添加 Spearman 相关性测试的p.value。

我有一个数据框，Global.log.CD8.Density：

head(Global.log.CD8.Density)
  ID     Global.log.CD8.Density   Signature     Weight
IM_186         0.124566              s1       0.56427854
IM_152         5.041160              s1       0.28232970
IM_172         1.385508              s1       0.20986138
IM_148         6.067057              s1       0.42067503
IM_146         2.278153              s1       0.23883911
IM_174         5.481756              s1       0.05284056

每个Signatures有ID个s1-s7，其值Weight不同。我创建了一个构面点图，以显示每个Global.log.CD8.Density的{{1}}和Weight之间的相关性，并使用以下代码显示p.value：

Signature

这贴上了皮尔森相关性的p.value。我想知道是否有办法修改代码以显示Spearman的相关性。我知道您可以执行以下代码来获得结果：

ggplot(Global.log.CD8.Density, 
mapping = aes(x=Weight, y=Global.log.CD8.Density))+ 
geom_point(aes(colour=Signature))+
facet_wrap(~Signature, nrow = 2)+
geom_smooth(method = "lm", se = F) +
   stat_fit_glance(method = 'lm',
                   method.args = list(formula = y~x),
                   geom = 'text',
                   aes(label = paste( "italic (p)== ", signif(..p.value.., digits = 4))),
                       label.x.npc = "right", label.y.npc = 0.10,
                       size = 3, parse=TRUE)

但我想知道是否有办法修改Global.CD8.spearman <- Global.log.CD8.Density %>% group_by(Signature) %>% do(tidy(cor.test(.$Weight, .$Global.log.CD8.Density, method='spearman'))) ggplot(Global.log.CD8.Density, aes(Weight,Global.log.CD8.Density))+ geom_point(aes(colour=Signature))+ facet_wrap(~Signature, nrow = 2)+ geom_smooth(method = "lm", se = F) + geom_text (data=Global.CD8.spearman, aes(0.55,0.55,label = ifelse(p.value>0.05,paste( "italic (p)== ", signif(p.value, digits = 2)),"italic (p)<0.05")), size = 3, parse=TRUE)或任何其他stat_fit_glance工具来获得该结果。

非常感谢

Answer 1

感谢您报告此问题！我已经创建了an Issue，并将在下一个版本的“ ggpmisc”发布前进行研究。问题是我认为对stat_fit_glance()的返回值有误解。这些列的名称由broom:glance()返回。我在“ ggpmisc”的开发版本中添加了一个示例，该示例将作为版本0.3.0提交给CRAN。

使用stat_fit_glance将Spearman的测试P值添加到ggplot

1 个答案: