Question

我正在编写一个Java程序，将两个CSV文件插入到一个由子文档组成的文档中，但我不知道该怎么做。我将解释：我有一个SNP文件，其中包含字段rsid，chr，has_sig以及包含字段rsid，mrna_acc，gene的LOCUS文件， class，sap_id在LOCUS文件中，每个rsid可以对应更多mrna_acc，因此我会有更多行具有相同的rsid。

我想要一份Mongo文件：

{ _id: ObjectId("7264958211f41a0c647c47b1"),
  rsid: rs530,
  chr: 21,
  has_sig: false,
  locus: [
  { mrna_acc: NM_00125,
    gene: ETS2,
    class: utr_variant
  }, 
  { mrna_acc: NM_00126,
    gene: ETS2,
    class: utr_variant
  }, 
  ... ]
}

我尝试用buffereader读取两个CSV文件并将其插入文档中，如下所示：

Document d = new Document();
Document d1 = new Document();

FileSnp fs = new FileSnp("/Users/valentinafratini/Documents/Progetto Tesi/FactoryMethodDb/snp.csv");
    fs.readFile();
    long startTime = System.currentTimeMillis();
    while (fs.line!=null) {
        fs.line = fs.reader.readLine();

        if (fs.line!=null && fs.line.length()>0) {
            fs.obj = fs.line.split("\\s+");
            fs.readSingleObj();

            d.append("rsid", fs.rsid);
            d.append("chr", fs.chr);
            d.append("has_sig", fs.has_sig);
        }
    }

FileLocus fl = new FileLocus("/Users/valentinafratini/Documents/Progetto Tesi/FactoryMethodDb/locus.csv");
    fl.readFile();
    while (fl.line!=null) {
        fl.line = fl.reader.readLine();

        if (fl.line!=null && fl.line.length()>0) {
            fl.obj = fl.line.split("\\s+");
            fl.readSingleObj();

            d1.append("mrna_acc", fl.mrna_acc);
            d1.append("gene", fl.gene);
            d1.append("class", fl.classe);
        }
    }

d.put("locus", d1);
list.add(d);
coll.insertMany(list);

但结果是插入了一行包含snp文件和locus文件的所有字段。

你能帮帮我吗？我真的不知道该怎么做。非常感谢你。

Answer 1

在目标文档结构中，locus属性包含一系列子文档...

locus: [
  { mrna_acc: NM_00125,
    gene: ETS2,
    class: utr_variant
  }, 
  { mrna_acc: NM_00126,
    gene: ETS2,
    class: utr_variant
  } 
]

这表明FileLocus读者应该为Document中的每一行生成一个locus.csv实例，并且每个文档都应该添加到外部文档中的一个集合中：{ {1}}由d读者创建。

如果是，那么您应该用以下内容替换FileSnp块：

FileLocus

从两个CSV文件聚合MongoDB中的文档

1 个答案: