来自R的UNIX命令通过shell函数

Question

我需要从R会话发出unix命令。我在使用RStudio 1.1.383和R 3.4.3的Windows R2 2012服务器上。

shell()函数看起来对我来说是正确的，但当我指定bash shell的路径时（从Git for Windows install），命令失败，错误代码为127。

shell_path <- "C:\\Program Files\\Git\\git-bash.exe"
shell("ls -a", shell = shell_path)
## running command 'C:\Program Files\Git\git-bash.exe /c ls -a' had status 127'ls -a' execution failed with error code 127

非常确定我的shell路径是正确的：

我做错了什么？

编辑：为了清楚起见，我想传递任意数量的UNIX命令，我只是使用ls -a作为示例。

编辑：

在2018-03-09之后玩了一些游戏：

shell(cmd = "ls -a", shell = '"C:/Program Files/Git/bin/bash.exe"', intern = TRUE, flag = "-c")

我的bash.exe的正确位置是.../bin/bash.exe。这使用shell和intern = TRUE将输出作为R对象返回。请注意在shell路径周围使用单引号。

编辑：2018-03-09 21:40:46 UT

在RStudio中，我们也可以使用knitr调用bash并设置块选项：

library(knitr)

```{bash my_bash_chunk, engine.path="C:\\Program Files\\Git\\bin\\bash.exe"}
# Using a call to unix shell
ls -a
```

Answer 1

这里有两件事突出。如果找不到命令，Bash将返回退出代码127;你应该尝试运行完全限定的命令名。

我还看到你的shell正在运行/c标志。 According to the documentation，flag参数指定“在shell下运行命令的开关”，它默认为/c，但“如果shell是bash或tcsh或sh，则默认值已更改到'-c'。“显然git-bash.exe没有发生这种情况。

尝试以下更改：

shell_path <- "C:\\Program Files\\Git\\git-bash.exe"
shell("/bin/ls -a", shell = shell_path, flag = "-c")

不在Windows上，因此无法确定这是否有效。

Answer 2

也许您需要使用shQuote？

shell( paste("ls -a  ", shQuote( shell_path) ) )

（未经测试。我不在Windows上。但请阅读?shQuote））

Answer 3

如果您只想ls -a，可以使用以下命令：

shell("'ls -a'", shell="C:\\Git\\bin\\sh.exe")

#or
shell('C:\\Git\\bin\\sh.exe -c "ls -a"')

让我们知道＆＃34; Program Files＆＃34;造成了问题。

如果您需要登录才能调用命令，

shell('C:\\Git\\bin\\sh.exe --login -c "ls -a"')

但如果您正在考虑从R执行git命令，那么git2r可能会满足您的需求。