Question

在开始之前，我的环境有一些注意事项：通过miniconda安装的python 2.7.14，macOS 10.13.3。

问题

我正在尝试在python中编写一个数据处理管道（称为analyze.py），它调用了几个不同的程序。其中一个程序EMAN2使用自己的python环境运行（位于，~/EMAN2/bin/python）。从命令行，对eman2的调用可能如下所示：

~/EMAN2/bin/e2buildstacks.py <args>

其中e2buildstacks.py使用文件顶部的标准#!/Users/<username>/EMAN2/bin/python类型公式指定其自己的python环境（注意，有很多这些不同的.py文件要运行，我只是使用一个名字作为例子。）

在python中，我正在为这些调用使用subprocess.Popen构造。一个非常简单的例子是：

import subprocess
stacks_cmd = '/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py <args>'
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

为了简单起见，我已经替换了实际的args和用户名。

如果这就是我正在做的事情，它运作正常。我可以从命令行运行python analyze.py，它可以毫无问题地运行EMAN2。

然而，这个管道正在包含在GUI（基于wxpython）中。所以我必须使用pythonw来运行我的程序。当我尝试做的时候：

pythonw analyze.py

它无法正确运行EMAN2脚本，我收到错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py", line 34, in <module>
    from EMAN2 import *
ImportError: No module named EMAN2

这向我表明它正在使用我的miniconda python而不是~/EMAN2/bin/python来运行脚本。

（注意：如果有人使用EMAN2，我可以为您提供完整的参数列表和输入文件。但请放心，这不是问题，我可以在命令行运行命令我正常使用）< / p>

我尝试了什么

我尝试了几种不同的方法来解决这个问题。最简单的是指定在命令中使用的python：

import subprocess
stacks_cmd = '/Users/<username>/EMAN2/bin/python /Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py <args>'
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

这不起作用，并以相同的错误失败。

我尝试在shell = False模式下使用Popen

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/python', '/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

或

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

两者都失败并出现同样的错误。

我已尝试指定可执行文件：

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE, executable='/Users/<username>/EMAN2/bin/python')
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

这个给出了不同的错误：

Unknown option: --
usage: /Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py [option] ... [-c cmd | -m mod | file | -] [arg] ...
Try `python -h' for more information.

这让我觉得参数不会正确地传递给脚本，而是传递给python本身（我可能不太明白这里的可执行设置是什么）。

我尝试过设置环境变量：

import os
my_env = os.environ.copy()
my_env['PATH'] = '/Users/<username>/EMAN2/bin:'+my_env['PATH']
my_env['PYTHONPATH'] = '/Users/<username>/EMAN2/bin'

然后将其传递给上述任何命令中的subprocess.Popen env=my_env。这失败并出现相同的错误。

此时，我几乎没有想法，希望有人可以提供帮助。同样，这只发生在pythonw，而不是python。

我读过的东西正在寻找解决方案

我在stackoverflow上找不到任何与此问题相匹配的内容。我看过的东西：

subprocess a program using another version of python