Question

我有一个函数可以对序列中的DNA碱基进行计数，并分别返回它们的计数。功能是

def baseCounts(DNA):
    for base in DNA:    
        numofAs = DNA.count('A')
        numofCs = DNA.count('C')
        numofGs = DNA.count('G')
        numofTs = DNA.count('T')

    return numofAs, numofCs, numofGs, numofTs

现在，我需要改变功能，因此它不仅限于A，C，G和T的DNA字母表。我知道我需要在函数

中添加字母表参数

BaseCounts(DNA, alphabet):

但是，我不知道为任何字符编写for循环的其余部分是什么或如何编码？请记住，他们必须单独添加？

Answer 1

您可以使用计数器：

from collections import Counter

DNA = 'ATCGBBHHTTCCGGHH'
c = Counter(DNA)
print(c)

输出：

Counter({'C': 3, 'B': 2, 'H': 4, 'A': 1, 'G': 3, 'T': 3})

将返回一个Counter对象，这是一个专门的字典，其中的键对应于序列DNA中遇到的值，构成您的alphabet，值是{的这些值的计数{1}}

如何更改函数以便它可以计算任何字母字符？

1 个答案:

输出：