从bash脚本

Question

我需要从pdf脚本将我的R-markdown文件编译为bash。 我正在使用Rstudio 1.1.383，我使用以下脚本 -

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')" 
Rscript -e "library(rmarkdown) render('myfile.md')"

这会生成pdf，但ggplots和rpart图在图表文件夹中创建为单独的.png文件。 如果我在Rstudio中使用knitr按钮，则图表将完美地编译为pdf。 所以我猜我的剧本并没有正确地模仿knitr按钮。 这就是ggplot

的代码块之一

{r,fig.cap="Box plots for standardized data" }

melted = melt(Scaled_df)
ggplot(data = melted) +  geom_boxplot(aes(x=Species,y=value, fill = Species)) +   facet_wrap(~variable) +
  theme(axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_blank())

但我想这一定是好的，因为在Rstudio中使用knitr按钮编译的pdf是完美的。 有谁知道我的bash脚本有什么问题？

Answer 1

documentation解释了::

  

如果你没有使用RStudio，那么你只需要调用＆＃39; rmarkdown :: render函数，例如：

rmarkdown::render("input.Rmd")

  

请注意，在使用RStudio中的“Knit”按钮的情况下，基本机制是相同的（RStudio在引擎盖下调用rmarkdown :: render函数）。

因此，在您的情况下，您不应该编织中间降价文件。