在forestplot R中指定连续对数变换x轴的限制

Question

我正在尝试将数据绘制到具有对数变换的连续x轴的图形上。我的代码如下：

（forestplot的样本数据）

    tabletext <- cbind(c("Analysis","combined","A","B"),
    c("Observational","0.92 [0.87,0.96]","0.94 [0.89,1.01]","0.88 [0.82,0.95]"),
    c("MR","0.95 [0.92,0.98]","0.96 [0.92,1.00]","0.87 [0.78,0.97]")) 
    mean_mr <- c(NA,0.95,0.96,0.84)
    mean_obs <- c(NA,0.92,0.94,0.85)
    lower_mr <- c(NA,0.92,0.92,0.78)
    lower_obs <- c(NA,0.87,0.89,0.82) 
    upper_mr <- c(NA, 0.98,1.00,0.97)
    upper_obs <- c(NA,0.96,1.10,0.94)

    mean <- cbind(mean_obs,mean_mr)
    lower <- cbind(lower_obs,lower_mr)
    upper <- cbind(upper_obs,upper_mr)

生成森林地块：

    library(forestplot)

    forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)),
       boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4),xlog=1,
       col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
       txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
       ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)))

我尝试使用xlim指定x轴限制，但这对绘图没有影响，xticks似乎覆盖了xlog参数。我还注意到，即使我删除了xlog参数，我也无法指定x轴限制。有没有什么方法可以在forestplot中的（对数转换的）比例上指定x轴限制？

Answer 1

你有哪个forestplot版本？ 我在help page上找到了这个说明：

“注意：与原始林图的一个重要区别是，当前函数将xlog解释为x轴为日志格式，即您需要以antilog / exp格式提供数据。” 。根据我的理解，xlog只是将行绘制为1而不是0.

如果我用

运行你的例子

  forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)),
           boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4), xlog=1,
           col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
           txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
                            ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)),
          xticks = c(0.4, 0.77, 0.9, 1)
          )

输出是

- ＆GT;限制被改变，以及xticks。

Answer 2

似乎＆＃34; clip＆＃34;用于＆＃34;剪切置信区间到箭头的下限和上限＆＃34; （根据the forestplot package）。

您可以在代码中添加：clip（c（下限值，上限值））。 例如，在您的代码中，我将下限设置为0.8，将上限设置为1.2：

forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)), clip(c(0.8, 1.2))
       boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4),xlog=1,
       col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
       txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
       ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)))

output plot image

奇怪的是，下限不会发生变化，但是上限得到了扩展，因此xticks不再覆盖xlog参数。希望这有效！