snakemake:测量CPU用户时间,而不是墙上时间

时间:2018-02-22 21:16:40

标签: python snakemake

在snakemake中,

如何记录在用户空间中花费的CPU时间,而不是整体运行时间?

我理解snakemake测量wall-time,以及mean_load。为什么snakemake不记录cpu用户时间?

我有一个从mean_load计算cpu用户时间的想法:

cpu_time =(mean_cpu_load / 100)* runtime_s) 但是当我运行几百个基准测试时,snakemake每次运行都记录了一个0.0的mean_load - 我该如何理解?这是预期还是我做错了什么?

snakemake中的相关代码负责基准测试:https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/src/dc98e2cb51d6bf5046297613a7ca567611c43d30/snakemake/benchmark.py?at=master&fileviewer=file-view-default

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