Question

当你进行for循环时，如何更改输出中的目录？

示例：

for f in ./test/Sample1_out/*coords
do
    ./test/sort.pl --in1 "$f" --in2  "./test/Sample1_out/count.txt" --out "${f/.coords/.sorted}"
done

如果我想向上移动目录以将文件保存在＆＃34; ./ test /＆＃34;目录，我该怎么做？
如果我想循环遍历所有Sample文件夹，我该怎么办呢？（我尝试了for f in ./test/*out/*coords; do ./test/sort.pl --in1 "$f" --in2 "./test/*out/count.txt" --out "${f/.coords/.sorted}，但我的--in2被清空了）

Answer 1

要处理多个目录，我只想添加另一个循环：

for dir in ./test/*_out/; do
    for file in "$dir"/*.coords; do
        ./test/sort.pl --in1 "$file" --in2 "$dir/count.txt" \
                       --out "${file/.coords/.sorted}"
    done
done

或者您可以同时在两个级别上使用glob，并使用dirname或${file%/*}获取当前文件所在目录的名称：

for file in ./test/*_out/*.coords; do
    ./test/sort.pl --in1 "$file" --in2 "${file%/*}/count.txt" \
                   --out "${file/.coords/.sorted}"
done

（--in2 "./test/*out/count.txt"不起作用，通配符不会在引号中展开，你会得到一个带有文字星号的路径。）

至于输出文件，我不确定你想要什么，但是如果你想要其他目录中的所有输出文件，那么就像这样：

outfile=${file##*/}       # remove directory part of path (or use basename)
                          # stick new path in, and change extension
outfile=/path/to/output/${outfile/.coords/.sorted}  
./test/sort.pl --in1 "$file" --in2  "$dir/count.txt" \
               --out "$outfile"

或者如果您想要“上一个目录”，可以使用"${file%/*/*}/${file##*/}"将/foo/bar/abc.txt转换为/foo/abc.txt。

Bash-change for for循环中的目录

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