Question

我的java项目有问题。我有两个文本文件插入postgresql与jdbc驱动程序。这两个文件都属于这种类型： 1）snp（rsid，chr，boolean value） 2）基因座（rsid，mrna，基因，类）

我必须得到两个这种类型的表： 1）Snp（id serial，rsid varchar，chr varchar，has_sig boolean） 2）Locus（id serial，mana_acc varchar，gene varchar，class varchar，snp_id integer）其中locus的snp_id是对Snp（id）的外键引用。

我可以用于表之间连接的字段是rsid，这对两个文件都是通用的。

我以这种方式创建了表格：

st = connection.prepareStatement(
                "CREATE TABLE IF NOT EXISTS snp ("
                + "id SERIAL PRIMARY KEY, "
                + "rsid varchar(100), "
                + "chr varchar(100), "
                + "has_sig varchar(100))");
        st.executeUpdate();
        st.close();

        st = connection.prepareStatement(
                "CREATE TABLE IF NOT EXISTS locus ("
                + "id SERIAL PRIMARY KEY, "
                + "rsid varchar(100), "
                + "mrna_acc varchar(100), "
                + "gene varchar(100), "
                + "class varchar(100), "
                + "snp_id integer REFERENCES snp(id) on delete cascade on update cascade)");
        st.executeUpdate();
        st.close();

然后我使用select查询而不是snp_id字段将文件放在表中：

FileSnp fs = new FileSnp("/Users/valentinafratini/Documents/Progetto Tesi/FactoryMethodDb/snp.csv");
        fs.readFile();
        while (fs.line!=null) {
            fs.line = fs.reader.readLine();

            if (fs.line!=null && fs.line.length()>0) {
                    fs.obj = fs.line.split("\\s+");
                    fs.readSingleObj();

                    st = connection.prepareStatement("INSERT INTO snp ("
                        + "id, "
                        + "rsid, "
                        + "chr, "
                        + "has_sig) "
                        + "VALUES (DEFAULT, ?, ?, ?)");
                    st.setString(1, fs.rsid);
                    st.setString(2, fs.chr);
                    st.setString(3, fs.has_sig);
                    st.executeUpdate(); 
                    st.close();

FileLocus fl = new FileLocus("/Users/valentinafratini/Documents/Progetto Tesi/FactoryMethodDb/locus.csv");
        fl.readFile();
        while (fl.line!=null) {
            fl.line = fl.reader.readLine();

            if (fl.line!=null && fl.line.length()>0) {
                    fl.obj = fl.line.split("\\s+");
                    fl.readSingleObj();

                    st = connection.prepareStatement("INSERT INTO locus ("
                        + "id, "
                        + "rsid, "  
                        + "mrna_acc, "
                        + "gene, "
                        + "class,"
                        + "snp_id) "
                        + "VALUES (DEFAULT, ?, ?, ?, ?, (SELECT id FROM snp s WHERE rsid = s.rsid))");
                    st.setString(1, fl.rsid);
                    st.setString(2, fl.mrna_acc);
                    st.setString(3, fl.gene);
                    st.setString(4, fl.classe);
                    st.executeUpdate();
                    st.close();

但是当我填写时，我有以下错误：

错误：用作表达式
的子查询返回多行

你能帮帮我吗？非常感谢你。

Answer 1

似乎rsid在表snp中并不是唯一的。这会导致子查询

SELECT id FROM snp s WHERE rsid = s.rsid

返回多行，这是导致错误的原因。

我建议您使用INSERT ... RETURNING获取id中输入的行的snp：

INSERT INTO snp (id, ...)
VALUES (DEFAULT, ...)
RETURNING id;

然后将返回的值绑定到以下查询中的占位符：

INSERT INTO locus (..., snp_id)
VALUES (..., ?);

使用另一个表中的元素填充表格

1 个答案: