如何删除符号并将文件名添加到fasta标题

Question

我有几个带有以下标题的fasta文件：

M01498:408:000000000-BLBYD:1:1101:11790:1823 1:N:0:1

我想删除所有符号（冒号，短划线和空格），并添加“barcodelabel = FILENAME;”

我可以使用以下方法为一个文件执行：

cat A1.fasta |sed s/-//g | sed s/://g| sed s/\ //g|sed 's/^>/>barcodelabel=A1;/g' >A1.renamed.fasta

我怎样才能同时为我的所有文件执行此操作？我尝试了下面的代码，但它不起作用：

for i in {A..H}{1..6}; do cat ${i}.fasta |sed s/-//g | sed s/://g| sed s/\ //g | sed 's/^>/>barcodelabel=${i};/g' >${i}.named.fasta; done

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

考虑到您要将-，:或空格替换为null并希望在第一行的最后添加字符串，那么以下内容可能会对您有所帮助：

awk 'FNR==1{gsub(/:|-| +/,"");print $0,"barcodelabel=FILENAME";next} 1'  Input_file

如果您想将输出保存到同一个Input_file中，请在上面的代码中添加以下内容> temp_file && mv temp_file Input_file

Answer 2

我明白了。首先，我减少了sed的数量以简化代码。错误是在最后的sed我有简单的引号，它应该是双倍，所以它可以读取$ {i}。最终代码是：

for i in {A..H}{1..6}; do cat ${i}.fasta | 
sed 's/[-: ]//g' | 
sed "s/^>/>barcodelabel=${i};/g" > ${i}.final4.fasta; done