我有一个PYTHON脚本，它接受一个输入文件并提供一个输出文件。输入文件和输出文件分为sys.argv [1]和[2]，如下所示：
myscript.py input.file output.file
不幸的是，输入文件需要预处理以满足脚本的要求。我可以预处理原始文件并转换为可接受的格式。预处理步骤如下：
awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' filename.fastq > filename.fa
然而，有超过1000个这样的文件，为了节省一些存储空间，我希望脚本通过进程替换来获取预处理数据，我在这里找到了一个解决方案：https://superuser.com/questions/1070265/how-to-pipe-awk-command-output-to-python-as-first-argument
所以以下工作非常好：
myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa
然而，正如我所提到的，我有1000个这样的文件，我写了一个python脚本来遍历所有文件，然后在os.system中嵌套上面的命令，如下所示
os.system("myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa")
然而，这次我运行脚本时出现以下错误：
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa'
我可以发现同样的错误有很多答案，但它们都不适用于我。我有一些我试过的链接：
https://askubuntu.com/questions/348942/why-does-my-python-script-fail-with-syntax-errors
https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token?rq=1
https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token
https://askubuntu.com/questions/372926/bash-syntax-error-near-unexpected-token
当我使用上述解决方案时，我得到了EOL错误
我开始知道“（”这里的语法错误：bash: syntax error near unexpected token `('
然后我尝试用“/”然后我得到以下错误：
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/<(awk NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0} input.fastq)
你能为我建议一个解决方案吗？
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明确使用bash进行流程替换
os.system("bash -c \"myscript.py <(awk -v gt='>' 'NR % 4 == 1 {print gt $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa\"")
我将">"字符串从awk正文中删除，以减少嵌套引号的级别数。
或使用默认的/ bin / sh并将awk输出写入临时文件。
os.system("awk 'NR % 4 == 1 {print \">\" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq > temp && myscript.py temp output_processed.fa; rm -f temp")
如果你控制myscript.py，允许它接受stdin上的数据而不是文件名，你可以写
os.system("awk '...' input.fastq | myscript.py output_processed.fa")