将指定行转置和堆栈到R

Question

这个问题很难描述，但在可视化时很容易理解。因此，我建议查看我在这篇文章中链接的两张图片，以帮助理解问题。

以下是我的练习数据框的链接：

sample.data <-read.table("https://pastebin.com/uAQD6nnM", header=T, sep="\t")

我不知道为什么我会收到“比列名更多的列”的错误，因为从我的桌面使用相同的文件可以正常工作，但点击该链接会转到我的数据集。

我收到了按行排列的非常大的数据框，我希望将它放在列中，但它不是那么“简单”，因为我不一定希望（或需要）转置所有数据。

这个链接似乎与我想做的很接近，但对我来说不是正确答案Python Pandas: Transpose or Stack?

我有一个带GPS数据的标题（Coords_Y，Coords_X），后面是100多种植物物种名称的列表。如果物种存在于某个位置，则作者使用术语TRUE，如果不存在，则使用术语FALSE。

我想把这个数据集我已经发送，创建一个名为“species”的新列，它将每行中列出的每个物种叠加在一起，并且＆amp;仅保留数据设置为TRUE。因此，正如我的图像所指出的，如果两个植物都存在于同一位置，那么GPS点将需要重复，因此没有数据点丢失，同时，如果某个物种出现在许多地方，物种名称需要在栏中重复多次。最后，我将有一个长度为1000行的数据集，但在我的标题行中只有5列。

在之前

之后

Answer 1

以下是使用基数R的方法：

# Notice that the link works if you include the /raw/ part
sample.data <-read.table("https://pastebin.com/raw/uAQD6nnM", header=T, sep="\t")

vars <- c("var0", "Var.1", "Coords_y", "Coords_x")

# Just selects the ones marked TRUE for each
alf <- sample.data[ sample.data$Alfaroa.williamsii, vars ]
aln <- sample.data[ sample.data$Alnus.acuminata, vars ]
alf$species <- "Alfaroa.williamsii"
aln$species <- "Alnus.acuminata"
final <- rbind(alf,aln)
final

var0 Var.1  Coords_y  Coords_x            species
192   191   7.10000 -73.00000 Alfaroa.williamsii
101   100 -13.18000 -71.59000 Alfaroa.williamsii
36    35  10.18234 -84.10683    Alnus.acuminata
38    37  10.26787 -84.05528    Alnus.acuminata

更常见的是，使用dplyr和tidyr，您可以使用gather功能：

library(dplyr)
library(tidyr)

tidyr::gather(sample.data, key = "species", value = "keep", 5:6) %>%
dplyr::filter(keep) %>% 
dplyr::select(-keep)

只需将5:6替换为不同物种列的索引。

Answer 2

我无法下载数据，所以我做了一些：

sample.data=data.frame(var0=c(192,36,38,101),var1=c(191,35,37,100),y=c(7.1,10.1,10.2,-13.8),x=c(-73,-84,-84,-71),
                       Alfaroa=c(T,F,F,T),Alnus=c(T,T,T,F))

提供请求结果的代码是：

dfAlfaroa=sample.data%>%filter(Alfaroa)%>%select(-Alnus)%>%rename("Species"="Alfaroa")%>%replace("Species","Alfaroa")
dfAlnus=sample.data%>%filter(Alnus)%>%select(-Alfaroa)%>%rename("Species"="Alnus")%>%replace("Species","Alnus")
rbind(dfAlfaroa,dfAlnus)