Question

希望，有人可以帮我解决以下问题：

我有以下两个列表（一个是制表符分隔的）：

chr \ t start \ t end \ t alt \ t ref \ t \ t *（其他列）

我的目标是使用perl脚本比较两个列表，基于colums中的值＆＃34; start＆＃34;，＆＃34; end＆＃34;，＆＃34; alt＆＃34;和＆＃34; ref＆＃34;。这意味着，如果这四个列中列表1中的行的值等于列表2的行中的条目，则列表1的整行应写入文件＆＃34; common.txt＆＃34;。对于基本脚本，我开始将列表1的内容写入数组：

#!/usr/local/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @file1;
open (FILE, "< path_to_file") || die "Can not find file: $!\n";
while (defined(my $i = <FILE>) {
     push (@file1, $i)
     }
print "@file1\n"; #temporary added line to test for output

结果，创建了一个包含FILE所有条目的数组@ file1（很好，该数组包含FILE的值）。现在的问题是：如何指定上面提到的列。我试图将数组写入标量$ content，并希望使用

隔离第二列（开始）

$content = @file1;
print "$content[1]\n";

但是（确实有道理），这些行给了我数组的元素[1]，它是FILE的第二行。合在一起：我使用while循环逐行将FILE的内容写入数组@ file1。如何提取定义的列的值？（注意：指定列的值未知，因此不能用于模式搜索）。

最佳，脾气暴躁的

Answer 1

这是对两个文件进行并行迭代的更好方法：

use strict;
use warnings; 
use 5.020;
use autodie;
use Data::Dumper;

open my $INFILE1, '<', 'data1.txt';
open my $INFILE2, '<', 'data2.txt';
open my $OUTFILE, '>', 'common.txt';

while (!eof($INFILE1) and !eof($INFILE2)) {
    my $line1 = <$INFILE1>;
    my $line2 = <$INFILE2>;

    my(undef, $target1) = split ' ', $line1, 2;
    my(undef, $target2) = split ' ', $line2, 2;

    if ($target1 eq $target2) {
        print {$OUTFILE} $line1 
    }
}

close $INFILE1;
close $INFILE2;
close $OUTFILE;

请勿使用 bareword 文件句柄，例如文件。相反，使用my 变量：

open my $FILE, '<', 'data.txt'

从while循环中读取文件条件：

while (my $line = <$FILE>)

perl会自动对defined()进行$line检查，而while循环只会在没有其他行读取且<>返回undef时结束。

不要试图通过阅读旧的perl教程来学习perl。相反，购买最新版的“Learning Perl”（Schwartz，d Foy，Phoenix）。 Perl拥有我研究的任何编程语言的最佳书籍，因此利用该资源。对于编程书来说，“学习Perl”相当薄，所以你不需要花一年的时间来阅读它。并且，它在每章末尾都有练习，并在本书的最后给出答案。

DATA1.TXT：

data2.txt：

代码：

use strict;
use warnings; 
use 5.020;
use autodie;
use Data::Dumper;

open my $INFILE1, '<', 'data1.txt';
open my $INFILE2, '<', 'data2.txt';
open my $OUTFILE, '>', 'common.txt';

LINE_FROM_FILE1:
while (my $line1 = <$INFILE1>) {
    if (defined(my $line2 = <$INFILE2>)) {
        my($first1, $target1) = split ' ', $line1, 2;
        my($first2, $target2) = split ' ', $line2, 2;

        if ($target1 eq $target2) {
            print {$OUTFILE} $line1 
        }
    }
    else {
        say "File2 is shorter than File1.  " .
            "No more lines in File2...quitting";
        last;
    }
}

close $INFILE1;
close $INFILE2;
close $OUTFILE;

输出：

$ rm common.txt
remove common.txt? y

$ perl 1.pl 

$ cat common.txt
b 5 6 7 8
d 2 2 2 2

Answer 2

您想使用split访问每行的字段：

for my $line (@file1) {
    my @fields = split "\t", $line;  # split into fields with TAB as a delimiter
    print "$fields[1]\n";            # print second field of each line
}

如果你正在处理这样的分隔文件，那么

split和join应该很快成为你的perl词汇表的自然组成部分。

从文件

2 个答案: