在R中,有一个健康的适应性"素食主义者的CCA存在价值,类似于NMDS"压力"值?

时间:2018-02-09 12:19:35

标签: r vegan goodness-of-fit

我想知道是否有办法提取类似于metaMDS的东西"压力"纯素cca对象的价值?我已经尝试过goodness.cca函数及其亲属

http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/goodness.cca.html

他们告诉我每个样本的统计数据,但我对将多维系统减少到二维(如果存在这样的东西,因为它使用不同的计算)的整体优度感兴趣。 如果可能的话,我想继续使用素食主义者,虽然我在这里找到了这个链接:

Goodness of fit in CCA in R

非常感谢

RJ

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

它被称为特征值。早些时候人们抱怨NMDS没有类似特征值的东西,但只有压力。数据的总变化是所有特征值的总和,因此特征值的比例或特征值的累积总和是按比例解释的。所有这些都可以使用eigenvals()及其summary()提取(请参阅他们对?eigenvals的帮助)。轴的重要性测试可通过其anova.cca()函数获得(查看其文档以供参考)。

您提到的网页是关于另一种方法,规范相关性。在素食主义者中,我们在CCorA中使用排列测试。只需选择您的方法,然后找到您的工具。