我正在撰写Rmd报告，其中包含一些R代码块，显然是。我的代码结构如下：
functions.R脚本DataDependency.R脚本，这已经为functions.R提供了完整的这些任务analysis.R DataDependency.R脚本
furtheranalyis.R采购analysis.R，从那时起，我不必多次写一些步骤因此，我在很大程度上依赖于以嵌套方式来源文件的功能。但是，我无法在RMarkdown中完成此操作，每次都会给我一些错误（见下文）。我太傻了还是缺少这个功能？！到目前为止所有尝试都导致错误。
我看到的有关该主题的其他问题仅包括在.Rmd个文件中.Rmd采购here）以及source()和read_chunk()之间的区别（ here）。两者都不回答我的问题。
我已经尝试确保它确实是产生错误的嵌套源。所以这是一个最小的工作示例：
档案mweA.R
x = 1:10
和档案mweB.R
source("./mweA.R")
y = x * x
现在，在我的.Rmd文件中，我只想加载文件B（如果必须的话，两者都加载），然后继续使用它：
```{r}
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```
即使我这样做了：
```{r}
source("./mweA.R")
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```
发生同样的错误，即：
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> source -> file Execution halted
请注意，如果我执行source("./mweA.R")或使用任何其他非依赖R脚本，我就不会收到错误。
希望有一个（或多或少）秘密参数，你必须在块中指定解决所有这些。我真的很难使用Rmarkdown的代码块，而且我常常不清楚错误是什么。这主要是让我无法从latex切换到RMarkdown ...
答案 0 :(得分：4)
您遇到的问题与knitr或能够正确嵌套文档无关，而是R项目"working directory insanity"面临的产品
rmarkdown将相对于文件目录而不是项目根目录编织文档。这会导致不同的相对路径，具体取决于文档是在项目会话还是knitr会话中运行。
除了要点之外，this issue还显示了许多解决方法：
knitr specific ：
为要评估的所有块设置根目录，而不是文档位置。
opts_knit$set(root.dir = '/Users/username/path_to_project')
一般情况：
使用rprojroot或here（后者是前者的包装器），它使用several criteria来确定文件的顶级目录。您无需使用RStudio项目即可实现此目的。
使用here::here调用对另一个本地文件的任何引用，它将解析到同一位置，而不管它所调用的子目录。
source(here("functions.R"))
source(here("subdirectory", "DataDependency.R"))
source(here("subdirectory2", "furtheranalyis.R"))
这可能是一个更好的解决方案，因为它不依赖于knitr选项。或者，您可以使用root.dir设置rprojroot块：
opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
如果您正在使用RStudio项目。如果不是，请使用具有指定标准的rprojroot::find_root。