Rcpp jupyter笔记本

时间:2018-02-06 18:10:25

标签: r linux jupyter-notebook rcpp

我已经使用此命令在R控制台中安装了Rcpp,直到现在,无论如何都可以安装在jupyter笔记本上运行的软件包:

install.packages('Rcpp', '/home/user/anaconda3/lib/R/library/')

然后在控制台中我做:

library(Rcpp)
evalCpp("2+2")

并且它可以工作,但是当我在Jupyter笔记本上执行相同操作时它不起作用,给我这个错误消息:

  

/家庭/ tyatabe / anaconda3 / bin中/ x86_64的-conda_cos6-Linux的GNU-C ++   -I / home / tyatabe / anaconda3 / lib / R / include -DNDEBUG -I' / home / tyatabe / anaconda3 / lib / R / library / SimInf / include' -I" /家庭/ tyatabe / anaconda3 / LIB / R /库/ RCPP /包括" -I" /tmp/RtmpC4usUT/sourceCpp-x86_64-conda_cos6-linux-gnu-0.12.15" -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -O2 -I / home / tyatabe / anaconda3 / include -fpic -O3 -mtune = native -march = native -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -flto -ffat -lto-objects -Wno -unused-local-typedefs -Wno-ignored-attributes -Wno-deprecated-declarations -c file345f2e80a7c7.cpp -o file345f2e80a7c7.o   / home / tyatabe / anaconda3 / lib / R / etc / Makeconf:167:目标配方   ' file345f2e80a7c7.o' sourceCpp中的失败错误(代码=代码,env = env,   rebuild = rebuild,cacheDir = cacheDir,:构建错误1   共享库。回溯:

     
      
  1. evalCpp(" 2 + 2&#34)
  2.   
  3. cppFunction(code,depends = depends,plugins = plugins,includes = includes,.env = env,rebuild = rebuild,cacheDir = cacheDir,   showOutput = showOutput ,. verbose = verbose)
  4.   
  5. sourceCpp(code = code,env = env,rebuild = rebuild,cacheDir = cacheDir,.showOutput = showOutput,verbose = verbose)
  6.   
  7. 停止("错误",状态,"发生构建共享库。")
  8.         

    警告:找不到为R构建C ++代码所需的工具。

         

    请安装GNU开发工具,包括C ++编译器。

我在使用Ubuntu 16.04的64位计算机上运行。

关于如何让Rcpp在jupyter上工作的任何想法?

谢谢,

多田

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

我一般建议不要混合Ubuntu(一切都按原样)和Anaconda(有时会妨碍)。

我也在盒子上使用Jupyter笔记本电脑。

答案 1 :(得分:1)

正如@DirkEddelbuettel提到的...... Anaconda在Ubuntu上并不理想......

如果真的想要进行此设置,最近有Rcpp FAQ关于编译器和Anaconda的条目...特别是,我们有:

  

issue ticket#770的评论   据说运行

sh conda install gxx_linux-64
     

在安装相应的环境时帮助实现这一目标   x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++编译器。