在分面图中添加显着性水平，其中两个结果在相同的x轴上

Question

我知道有很多问题已经开放，可以在刻面图中添加ggplot2中的显着性水平。然而，作为R初学者，我没有为我的情节找到解决方案。 我的数据（.txt文件）可在以下链接中找到：

1drv.ms/t/s !AsLAxDXdkA9Mg8oXdJ-qxD5AeB4KAw

有四列：三个因子水平（温度，寄生物种类和行为）和数字水平（寄生和寄主杀死的数量）。

我用代码运行情节：

    ggplot(mydata, aes(x = temperature, y = value, fill = species)) +  
facet_grid(. ~ behavior) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = "dodge", stat="identity") +
stat_summary(fun.data = mean_sdl, fun.args = list(mult = 1) +
labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank(),  legend.text = element_text(size = 11, face = "italic"))

现在我想在每个图中添加显着性水平，在两个温度中分别比较寄生和宿主杀戮的结果。所以每个情节都有6个对比。我使用函数stat_compare_means测试了该选项。但是，正如本Rblogger教程（https://www.r-bloggers.com/add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/）中所建议的那样，我应该列出一个列表来说明我想要比较的内容。但是，在这种情况下，我有两个25°C的结果和两个30°C的结果。如何创建这个列表提到所有对比？ 如果有人能为我澄清我如何解决这个问题，那将对我有所帮助。谢谢。

Answer 1

stat_compare_means开箱即用＆＃34;开箱即用＆＃34; （这是有道理的，因为它使用ggplot函数中定义的分组。

ggplot(mydata, aes(x = temp, y = value, fill = factor(species))) +  
  facet_grid(. ~ behavior) +
  stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = position_dodge(width = 1), stat="identity") +
  stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom="errorbar", position = position_dodge(width = 1), width=0.25, stat="identity", fun.args = list(mult = 1)) +
                 labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
                 theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank(),  legend.text = element_text(size = 11, face = "italic")) + 
  stat_compare_means(method = "t.test")

或者，切换x和填充变量：

ggplot(mydata, aes(x = factor(species), y = value, fill = factor(temp))) +  
  facet_grid(. ~ behavior) +
  stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = position_dodge(width = 1), stat="identity") +
  stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom="errorbar", position = position_dodge(width = 1), width=0.25, stat="identity", fun.args = list(mult = 1)) +
  labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
  theme(legend.position = "bottom",  legend.text = element_text(size = 11, face = "italic")) + 
  stat_compare_means(method = "t.test")

Answer 2

感谢@thc的帮助和耐心。当我决定在错误栏上使用字母时，我必须为每个字母创建一个新的data.frame并添加geom_text。在测试了许多x和y值以将字母插入正确的点之后，这使得下面的代码正确。但肯定有一种更简单的方法，我不知道它。

    sigvals1 <- data.frame(x=0.75,y=222.4, text=c("a"), behavior=c("Parasitism"))
    sigvals2 <- data.frame(x=1.207,y=190.55, text=c("a"), behavior=c("Parasitism"))
    sigvals3 <- data.frame(x=1.75,y=117.7, text=c("b"), behavior=c("Parasitism"))
    sigvals4 <- data.frame(x=2.209,y=103, text=c("b"), behavior=c("Parasitism"))
    sigvals5 <-data.frame(x = 0.75, y = 74.8, text=c("A"), behavior = c("Host-Killing"))
    sigvals6 <-data.frame(x = 1.20, y = 92.97, text=c("B"), behavior = c("Host-Killing"))
    sigvals7 <-data.frame(x = 1.74, y = 49.8, text=c("C"), behavior = c("Host-Killing"))
    sigvals8 <-data.frame(x = 2.196, y = 43, text=c("C"), behavior = c("Host-Killing"))

    plot + 
geom_text(data=sigvals1, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) + 
      geom_text(data=sigvals2, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
      geom_text(data=sigvals3, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0)+
      geom_text(data=sigvals4, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
      geom_text(data=sigvals5, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
      geom_text(data=sigvals6, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
      geom_text(data=sigvals7, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
      geom_text(data=sigvals8, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0)