将非连接顶点添加到igraph

时间:2018-02-02 14:44:51

标签: r igraph

我有一个边缘列表,例如:df:

sample1    sample2
sample2    sample3
sample1    sample3

我还有2个样本,sample4和sample5,它们与任何其他顶点都没有连接。

完整的样本列表保存在单独的数据框中,例如df2:

sample1
sample2
sample3
sample4
sample5

如何添加这些未连接的边以便在我的igraph中显示(以便它们包含在网络分析中?)

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这实际上很容易。正如我所知,您可以使用函数graph_from_data_frame来构建您的网络。

作为vertices参数,您可以包含所需的所有相关节点(例如,sample1 ... to sample5),并将d参数(称为de edges)包含在其中的边列表中一列(名为from)设置原点顶点,另一列(名为to)设置目标顶点。

"顶点的示例" (我称之为"节点"下面)数据帧

id
sample1
sample2
sample3

" edge"的例子数据帧

from to
sample1 sample2

您可以使用:

require("igraph")
net = graph_from_data_frame(d=edge, vertices=nodes, directed=FALSE)
plot ( net )

例如。正如您在示例中所看到的,顶点1和2是连接的,而3是独立的。

请让我向您推荐本教程:http://kateto.net/networks-r-igraph