Question

我有一个边缘列表，例如：df：

sample1    sample2
sample2    sample3
sample1    sample3

我还有2个样本，sample4和sample5，它们与任何其他顶点都没有连接。

完整的样本列表保存在单独的数据框中，例如df2：

sample1
sample2
sample3
sample4
sample5

如何添加这些未连接的边以便在我的igraph中显示（以便它们包含在网络分析中？）

Answer 1

这实际上很容易。正如我所知，您可以使用函数graph_from_data_frame来构建您的网络。

作为vertices参数，您可以包含所需的所有相关节点（例如，sample1 ... to sample5），并将d参数（称为de edges）包含在其中的边列表中一列（名为from）设置原点顶点，另一列（名为to）设置目标顶点。

＆＃34;顶点的示例＆＃34; （我称之为＆＃34;节点＆＃34;下面）数据帧

id
sample1
sample2
sample3

＆＃34; edge＆＃34;的例子数据帧

from to
sample1 sample2

您可以使用：

require("igraph")
net = graph_from_data_frame(d=edge, vertices=nodes, directed=FALSE)
plot ( net )

例如。正如您在示例中所看到的，顶点1和2是连接的，而3是独立的。