Question

我一直致力于ESPResSo ++（http://www.espresso-pp.de/）中的一段新代码，这是一个分子动态（MD）模拟软件包。该代码将ESPResSo ++与PLUMED（https://plumed.github.io/）连接起来，这是一个用于MD包的插件。 ESPResSo ++广泛使用boost-python库。 Python代码加载了一个共享的C ++库，它可以完成大部分计算，同时为用户提供接口。从ESPResSo ++的共享C ++库中调用PLUMED库。 PLUMED可以静态链接到ESPResSo ++，也可以动态地或在运行时链接。当PLUMED静态链接时，我没有任何问题。当使用PLUMED的运行时链接构建ESPResSo ++时，会出现未定义的符号错误：

+++ Loading the PLUMED kernel runtime +++
+++ PLUMED_KERNEL="/home/theorie/songbin/applications/src/plumed-2.4.0/src/lib/libplumedKernel.so" +++
+++ PLUMED kernel not found ! +++
+++ error message from dlopen(): /home/theorie/songbin/applications/src/plumed-2.4.0/src/lib/libplumedKernel.so: undefined symbol: plumed_cmd
+++ ERROR: you are trying to use plumed, but it is not available +++
+++ Check your PLUMED_KERNEL environment variable +++

。我跑了

ldd -r libplumedKernel.so

。其中的输出是：

undefined symbol: plumed_cmd    (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_kernel_register    (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_finalize   (./libplumedKernel.so)
undefined symbol: plumed_create (./libplumedKernel.so)

。然后我跑了

nm _espressopp.so | grep plumed

。我得到了

000000000275b8a0 T plumed_c2f
000000000275b660 T plumed_cmd
000000000275b5d0 T plumed_create
000000000275b450 T plumed_dummy_cmd
000000000275b430 T plumed_dummy_create
000000000275b440 T plumed_dummy_finalize
000000000275b900 T plumed_f2c
000000000275ba30 T plumed_f_cmd
000000000275bc20 T plumed_f_cmd_
000000000275bc30 T plumed_f_cmd__
000000000275ba10 T plumed_f_create
000000000275bbd0 T plumed_f_create_
000000000275bbe0 T plumed_f_create__
000000000275ba60 T plumed_f_finalize
000000000275bc70 T plumed_f_finalize_
000000000275bc80 T plumed_f_finalize__
000000000275b9f0 T plumed_f_gcmd
000000000275bae0 T plumed_f_gcmd_
000000000275baf0 T plumed_f_gcmd__
000000000275b9e0 T plumed_f_gcreate
000000000275ba90 T plumed_f_gcreate_
000000000275baa0 T plumed_f_gcreate__
000000000275ba00 T plumed_f_gfinalize
000000000275bb30 T plumed_f_gfinalize_
000000000275bb40 T plumed_f_gfinalize__
000000000275b9a0 T plumed_f_ginitialized
000000000275bb80 T plumed_f_ginitialized_
000000000275bb90 T plumed_f_ginitialized__
000000000275ba80 T plumed_f_global
000000000275bd10 T plumed_f_global_
000000000275bd20 T plumed_f_global__
000000000275b700 T plumed_finalize
000000000275b960 T plumed_f_installed
000000000275bcc0 T plumed_f_installed_
000000000275bcd0 T plumed_f_installed__
000000000275b800 T plumed_gcmd
000000000275b7c0 T plumed_gcreate
000000000275b840 T plumed_gfinalize
000000000275b890 T plumed_ginitialized
000000000275b7b0 T plumed_global
000000000275b790 T plumed_installed
000000000275b4a0 T plumed_kernel_register

我不明白错误发生的原因。由于'plumed_cmd'和其他在_espressopp.so中定义，但在加载libplumedKernel.so时却找不到它们。如果有人可以帮助解决这个问题，我会很感激。

更新1 我找到了这个页面（http://grokbase.com/t/python/python-list/071afrstds/dynamic-library-loading-missing-symbols），并了解到我可以设置LD_DEBUG = all来查找执行期间的符号搜索。与网页类似，_espressopp.so未搜索符号。这是因为在导入_espressopp.so时，dlopen使用RTLD_NOW作为标志。该页面建议使用RTLD_GLOBAL作为标志。不幸的是，它导致其他地方的进口失我现在无法专注于此，代码可以使用静态或动态链接而不是运行时链接。 Plumed确实有一个接口，我认为它可以被Boost / Python以某种方式包装以实现运行时链接。但这不是我的优先考虑。如果有人有建议，请在此邮件下方发布。谢谢。

Answer 1

此问题已通过更改上游代码（PLUMED）得到解决。变更细节：https://github.com/plumed/plumed2/pull/362。简而言之，PLUMED不再依赖于dlopen来搜索库。相反，它使用dlsym查找全局不可见的符号。

在共享C ++库中加载C ++共享库时的未定义符号，该库本身由python

1 个答案: