查找每行的序列匹配量

Question

我希望使用GREP或类似的东西来查找文件每行中5个字母序列（AATTC）的总匹配，然后将结果打印到新文件中。例如：

File 1:
GGGGGAATTCGAATTC
GGGGGAATTCGGGGGG
GGGGGAATTCCAATTC

然后在另一个文件中逐行打印匹配

File 2:
2
1
2

Answer 1

Awk 解决方案：

awk '{ print gsub(/AATTC/,"") }' file1 > file2

  

gsub() 函数返回替换次数

$ cat file2
2
1
2

Answer 2

如果必须使用grep，请将其置于while循环中，

$ while read -r line; do grep -o 'AATTC'<<<"$line"|wc -l >> file2 ; done < file1
$ cat file2
2
1
2

另一种方式：使用perl。

$ perl -ne 'print s/AATTC/x/g ."\n"' file1 > file2