Question

所以我在MethylKit工作，它有一个需要使用txt文件的功能。

我的数据原始文件工作正常，但由于其他一些问题，我正在通过创建原始文件的子集进行故障排除。

这样做我正在使用：

write.table(head(Sample_101, n=100),"shorty_101.txt", col.names = FALSE, 
sep = "\t", row.names = TRUE)

我最初遇到了R移动列名称的问题，上面的行很好地解决了这个问题。但是，当我尝试将txt文件放入file.listshorty对象中然后将用于methRead函数时，我得到了这个：

file.listshorty <- list("shorty_101.txt","shorty_102.txt", "shorty_103.txt", 
                    "shorty_104.txt", "shorty_105.txt", "shorty_107.txt")


myobjS = methRead(file.listshorty, sample.id=list("Sample_101_GDM", 
"Sample_102_GDM", "Sample_103_GDM", "Sample_104_nonGDM", 
"Sample_105_nonGDM", "Sample_107_nonGDM"), assembly = "hg19", 
treatment=c(1,1,1,0,0,0), context="CpG", dbtype = "tabix", pipeline = "amp", 
header= TRUE, skip = 0, sep = "\t", resolution = "base", dbdir = getwd(), 
mincov = 10)

Error in data[, 5] * data[, 6] : non-numeric argument to binary operator

然而，当我打开由R创建的这些txt文件并删除添加到其中的无关内容然后将其读入时，它可以正常工作......

澄清 - ＆gt;删除了行编号列和命名列V1，V2，V3 ... V7的行。

 V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7
1
2
3
4
5

我也尝试过：

write.table(head(Sample_101, n=100), "shorty_101.txt", col.names = FALSE, 
sep = "\t", row.names = FALSE)

它给了我相同的错误消息。我假设它是因为第一行需要表示为标题，但不知道如何使用列表函数或如果有另一种解决方法。

非常感谢任何帮助！

谢谢！

Answer 1

想出来！您必须通过在quote = FALSE函数中添加参数write.table来取出在txt文件中创建的引号。

write.table(head(Sample_101, n=100), "shorty_101.txt", col.names = FALSE, sep 
= "\t", row.names = FALSE, quote = FALSE)

R中的write.table创建txt文件然后读取错误

1 个答案: