sh：使用Snakemake配置文件时找不到命令

Question

我正在尝试为snakemake创建一个新的配置文件，以便在我们的集群系统上轻松运行工作流程。我按照Snakemake-Profiles repo中提供的示例进行操作，并具有以下目录结构：

project/
- my_cluster/
-- config.yaml
-- cluster-submit.py
-- jobscript.sh
- Snakefile
- (other files)

因此，my_cluster目录包含群集配置文件。 config.yaml的摘录：

cluster: "cluster-submit.py {dependencies}"
jobscript: "jobscript.sh"
jobs: 1000
immediate-submit: true
notemp: true

如果我尝试按如下方式运行我的工作流程：

snakemake --profile my_cluster target

我收到以下错误：sh: command not found: cluster-submit.py，对于snakemake尝试提交的每条规则。考虑到cluster-submit.py脚本位于不同的目录中，这可能并不令人惊讶。我曾经认为使用配置文件时蛇形会处理路径。我忘记了什么吗？我错误配置了什么吗？ cluster-submit.py文件具有可执行权限，在config.yaml中使用绝对路径时，这样可以正常工作。