使用readOGR的相对路径根据R脚本还是rmarkdown而不同

Question

在我的常规.R脚本中，我使用相对路径来使用rgdal::readOGR读取数据：

library(rgdal)
pts <- readOGR("data/points.gpkg")

然而，Rmd doc中的R片段中的代码相同：

```{r}
pts <- readOGR("data/points.gpkg")
```

返回以下错误：

Error in ogrListLayers(dsn = dsn) : Cannot open data source

如果我使用

，则会解决此错误

```{r}
pts <- readOGR("../data/points.gpkg")
```

但我不能在常规.R脚本中使用该路径字符串。如果我想复制我在R脚本中编写的代码以在R markdown文档中使用，这是令人沮丧的。

我有两个问题：

1）为什么会这样？

2）如何编写路径以便它们在.R和.Rmd文档中运行

Answer 1

Rmd文档的默认工作目录是它所在的目录。您有很多选择：

• 使用完整的文件路径（适合您，但不能移植到其他计算机）
• 将您的Rmd文件放在您用于R脚本的工作目录中
• 将您的R脚本放在包含Rmd文件的目录中
• 在第一个Rmd代码块中设置您的工作目录
• 编写脚本以在文件路径中添加前缀，在R脚本中将前缀设置为"./"，在Rmd中设置"../"（如果您想要花哨，可以自动检测到这一点）< / LI>
• 不要复制您的代码：只使用脚本或只使用Rmd

还有很多这样的变化。

Answer 2

在https://github.com/yihui/knitr/issues/277找到的另一个解决方案是将根目录指定为文档顶部的选项：

opts_knit$set(root.dir = 'path/to/directory')