Question

我已经从gromacs生成了一个ascii文件（大小为（1407675×3）尺寸（2055×2055）的协方差矩阵的dat文件，并且想要使用schlitter方程计算熵，S=Kb/2*ln det|1 + (Kb*e*e*matrix/hbar*hbar|

但是我得到了奇怪的价值观，任何人都可以拥有代码请分享或者有人可以修改（或检查）下面的代码非常感谢。

 import sys, os
 import numpy as np   # Import numpy for dot products etc
 import numpy.testing as npt # Import numpy.testing for comparing numbers
 import pmx # Import pmx classes
 import math # Import maths classes (floor)
 from numpy.linalg import det


 sigma = numpy.loadtxt('covar_fit.dat')
 hbar = 1.054571628e-34 #Joules seconds
 T = 310.0 # Kelvin
 Kb = 1.3806504e-23 #Joules/Kelvin
 Euler = 2.71828
 matrix = np.resize(sigma,(2055,2055))
 k = np.identity(2055)
 mat = ((Kb*T*Euler*Euler)*matrix)/(hbar*hbar)
 m = np.array(mat)+ np.array(k)
 sign,logdet = np.linalg.slogdet(m)
 (sign, logdet)
 det = logdet
 entropy = Kb*0.5*det
 print (entropy)

Answer 1

这是你代码中的一个错误 - 等式中的e不是指数（2.71828），而是电子电荷。

e ² /（hbar * c）~1 / 137（又名精细结构常数）

有没有人有python代码来计算质量加权的schlitter熵

1 个答案: