FactoMineR / factoextra可视化树形图中的所有聚类

Question

我使用FactoMineR包的HCPC功能在数据帧上执行了层次聚类。问题是，当我使用factoextra绘制树形图时，我无法想象我询问的簇数。 以下是我的问题的可重现的例子

model <- HCPC(iris[,1:4], nb.clust = 5) 

上面确实有5个聚类

fviz_dend(model, k = 5,
          cex = 0.7,                     
          palette = "default",              
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, 
)

但只有3个映射在树形图中

Answer 1

我碰到了同样的问题：fviz_dend函数总会返回它认为最佳的聚类数量，即使我试图覆盖它 - 在HCPC或在fviz_dend函数。

在坚持使用FactoMineR和factoextra的同时修复此问题的一种方法是更改​​HCPC函数计算的默认群集数量：

model$call$t$nb.clust = 5

然后运行fviz_dend函数。

这应该返回the result that you were expecting。

Answer 2

您可以使用带有color_branches函数的dendextend R包：

library(dendextend)
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
dd <- color_branches(dend,5)
plot(dd)