Question

在过去的几天里，我一直在努力编写一个用于计算蛋白质（ATOM）和配体（HETATM）原子之间距离的脚本。我正在尝试修改脚本，以便在处理文件时实际覆盖输入文件而不是在终端中打印结果。我也试图更改它，以便在结果（last column）中有一个小于5的数字，将此文件移动到另一个文件夹中。但它似乎有一些错误。

这是我的带有txt扩展名的输入文件的样子：

ATOM   1587  HB2 LEU D  46       9.557  -9.974   3.186  1.00  0.00           H  
ATOM   1588  HB3 LEU D  46       9.379  -9.901   4.974  1.00  0.00           H  
ATOM   1589  HG  LEU D  46      11.509 -11.235   5.187  1.00  0.00           H  
ATOM   1590 HD11 LEU D  46      12.947 -11.556   3.278  1.00  0.00           H  
ATOM   1591 HD12 LEU D  46      11.424 -12.448   3.045  1.00  0.00           H  
ATOM   1592 HD13 LEU D  46      11.698 -10.914   2.183  1.00  0.00           H  
ATOM   1593 HD21 LEU D  46      11.528  -8.800   5.301  1.00  0.00           H  
ATOM   1594 HD22 LEU D  46      12.997  -9.452   4.535  1.00  0.00           H  
ATOM   1595 HD23 LEU D  46      11.722  -8.718   3.534  1.00  0.00           H  
HETATM 1597  N1  308 A   1       0.339   6.314  -9.091  1.00  0.00           N  
HETATM 1598  C10 308 A   1      -0.195   5.226  -8.241  1.00  0.00           C  
HETATM 1599  C7  308 A   1      -0.991   4.254  -9.133  1.00  0.00           C  
HETATM 1600  C1  308 A   1      -1.468   3.053  -8.292  1.00  0.00           C

这是我一直在使用的脚本：

#!/usr/local/bin/perl 

    use strict;
    use warnings;
    use File::Glob;

    mkdir "mp";
    my $txt;

    for my $txt ( glob '*.txt' ) 
    {

        open my $fh, '<', $txt;
        my $out_fh;

    my (@refer, @points);
    my $part = 0;
    my $dist;
    while (my $line = <$fh>) 
    { 
        chomp($line);
        if ($line =~ /^HETATM/) 
        {
            $part++;

            }
        my @array = (substr($line, 30, 8),substr($line,38,8),substr($line,46,8));
    #    print "@array\n";
        if ($part == 0) 
        {
            push @refer, [ @array ]; 
        } elsif ($part)
        {
            push @points, [ @array ]; 
        }

    my $atom;
        foreach my $ref(@refer) 
        {
        my ($x1, $y1, $z1) = @{$ref};
        foreach my $atom(@points) {
            my ($x, $y, $z) = @{$atom};
            my $dist = sqrt( ($x-$x1)**2 + ($y-$y1)**2 + ($z-$z1)**2 );
        print "Distance for calculation between $ref and $atom is $dist\n";
        }

            #if ($dist <= 5){
            #       system ("mv $fh mp");
            #           }
    }
    }
    }

终端中脚本的输出如下所示：

Distance for calculation between ARRAY(0x1c92208) and ARRAY(0x1d100f8) is 5.90498865367242
Distance for calculation between ARRAY(0x1c92280) and ARRAY(0x1d100f8) is 6.82836832632804
Distance for calculation between ARRAY(0x1c922f8) and ARRAY(0x1d100f8) is 6.77725903297196
Distance for calculation between ARRAY(0x1c92370) and ARRAY(0x1d100f8) is 5.12546485696663
Distance for calculation between ARRAY(0x1c923e8) and ARRAY(0x1d100f8) is 4.53856199693251

所以，总的来说，我试图找到一种方法来匹配那些因为数字<5而将这些文件移动到另一个文件夹中的文件。有人可以帮帮我吗？

如何将脚本的结果覆盖到输入文件

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