我尝试以下方法：
SPECIAL_TYPE = np.dtype([("arr", h5py.special_dtype(vlen=np.uint8)),
("int1", np.uint8),
("str", h5py.special_dtype(vlen=str)),
("int2", np.uint8),
("int3", np.uint8),
("list", h5py.special_dtype(vlen=np.uint8)),
("int4", np.uint8)])
db = f.create_dataset("db", (1,1), chunks=True, maxshape=(None, 1), dtype=SPECIAL_TYPE)
db.resize((N,1))
for i, idx in enumerate(range(N)):
arr = np.zeros((3,3), dtype=np.uint8)
db[i] = (arr,i, 'a', i, i, [0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11], i)
由于多维数组和元组的列表元素，上面的代码对我失败了。
充其量，它似乎只将数组的第一行存储在元组中（似乎无法修复此问题），同时在尝试将列表存储在元组中时抛出错误。
我是否遗漏了一些允许以这种方式存储元组列表的内容？
注意：我遇到过这些讨论：
1）https://github.com/h5py/h5py/issues/876
2）Inexplicable behavior when using vlen with h5py
并怀疑它不可能像我想的那样直接存储元组（主要是因为vlen可能只使用1-D数组？）。
原谅这个问题中的任何无知......我是HDF5的新手。
谢谢！
答案 0 :(得分：2)
使用你的dtype我可以创建一个数组：
In [37]: np.array([_],dtype=SPECIAL_TYPE)
Out[37]:
array([ (array([[0, 0, 0],
[0, 0, 0],
[0, 0, 0]], dtype=uint8), 1, 'a', 1, 1, list([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11]), 1)],
dtype=[('arr', 'O'), ('int1', 'u1'), ('str', 'O'), ('int2', 'u1'), ('int3', 'u1'), ('list', 'O'), ('int4', 'u1')])
但尝试使用它创建dataset，甚至是1d，将我从解释器中删除：
In [38]: f=h5py.File('vlentest.h5','w')
In [39]: db = f.create_dataset('db',(10,), dtype=SPECIAL_TYPE)
In [40]: db[:]
Segmentation fault (core dumped)
有两个问题 - vlen是否在二维数组中工作，是否在复合dtype中有效？你正在用二维数组中的dtype中的多个vlen推动边界。
您是否在复合dtype中看过使用vlen的文档或示例？
注意h5py如何在numpy中实现vlen - 它定义了那些字段a＆＃39; O＆＃39;对象dtype。它将指针存储在数组中，而不是可变长度对象本身。通常，对象dtype数组无法与h5py一起保存。但是这些字段必须添加一些注释，h5py用于将指针转换为HDF5接受的结构类型。
Storing string datasets in hdf5 with unicode探讨了如何存储vlen str。
Storing multidimensional variable length array with h5py
尝试，用小东西说明
In [14]: f = h5py.File('temp.h5')
In [15]: db1 = f.create_dataset('db1',(5,), dtype=dt1)
In [16]: db2 = f.create_dataset('db2',(5,), dtype=dt2)
In [17]: db1[:]
Out[17]:
array([('',), ('',), ('',), ('',), ('',)],
dtype=[('str', 'O')])
In [18]: db2[:]
Out[18]:
array([('', 0), ('', 0), ('', 0), ('', 0), ('', 0)],
dtype=[('str', 'O'), ('int4', '<i4')])
设置一些db1值：
In [24]: db1[0]=('a',)
In [25]: db1[1]=('ab',)
In [26]: db1[:]
Out[26]:
array([('a',), ('ab',), ('',), ('',), ('',)],
dtype=[('str', 'O')])
db2的工作方式相同：
In [30]: db2[0]=('abc',10)
In [31]: db2[1]=('abcde',6)
In [32]: db2[:]
Out[32]:
array([('abc', 10), ('abcde', 6), ('', 0), ('', 0), ('', 0)],
dtype=[('str', 'O'), ('int4', '<i4')])
2个vlen字符串也有效：
In [34]: dt3 = np.dtype([("str1", h5py.special_dtype(vlen=str)),("str2", h5py.special_dtype(vlen=str))])
In [35]: db3 = f.create_dataset('db3',(3,), dtype=dt3)
In [36]: db3[:]
Out[36]:
array([('', ''), ('', ''), ('', '')],
dtype=[('str1', 'O'), ('str2', 'O')])
In [37]: db3[0] = ('abc','defg')
In [38]: db3[1] = ('abcd','de')
In [39]: db3[:]
Out[39]:
array([('abc', 'defg'), ('abcd', 'de'), ('', '')],
dtype=[('str1', 'O'), ('str2', 'O')])
并使用数组vlen
In [41]: dt4 = np.dtype([("str1", h5py.special_dtype(vlen=str)),("list", h5py.special_dtype(vlen=np.int))])
In [42]: dt4
Out[42]: dtype([('str1', 'O'), ('list', 'O')])
In [43]: db4 = f.create_dataset('db4',(3,), dtype=dt4)
In [47]: db4[0]=('abcdef',np.arange(5))
In [48]: db4[1]=('abc',np.arange(3))
In [49]: db4[:]
Out[49]:
array([('abcdef', array([0, 1, 2, 3, 4])), ('abc', array([0, 1, 2])),
('', array([], dtype=int32))],
dtype=[('str1', 'O'), ('list', 'O')])
但我无法使用list
In [50]: db4[2]=('abc',[1,2,3,4])
--------------------------------------------------------------------------
AttributeError: 'list' object has no attribute 'dtype'
h5py保存数组，而不是列表。显然，这也适用于这些嵌套值。 http://docs.h5py.org/en/latest/special.html包含使用列表设置vlen的示例，但它首先转换为数组。
如果我尝试保存2d数组，它只会写入1d
In [59]: db4[2]=('abc',np.ones((2,2),int))
In [60]: db4[:]
Out[60]:
array([('abcdef', array([0, 1, 2, 3, 4])), ('abc', array([0, 1, 2])),
('abc', array([1, 1]))],
dtype=[('str1', 'O'), ('list', 'O')])
这个dtype有效：
In [21]: dt1 = np.dtype([("str1", h5py.special_dtype(vlen=str)),('f1',int),("list", h5py.special_dtype(vlen=np.int))])
这是核心转储
In [30]: dt1 = np.dtype([("f0", h5py.special_dtype(vlen=np.uint8)),('f1',int),("f2", h5py.special_dtype(vlen=np.int))])
这是一个vlen uint8问题，还是vlen首先出现问题？