rowMedians函数删除行名称

Question

我执行下面的代码，输出最终删除行名称。

baseMeanPerLvl <- sapply(levels(dds$sensitive), function(lvl) rowMedians( counts(dds,normalized=TRUE)[,dds$sensitive==lvl]))

输出：

[1,]    2.762384    2.5296235

当我使用rowMeans运行代码时，我得到了预期的输出：

ENSG00000223972.4    3.8508522    3.4101159

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

rowMedians位于包robustbase中，而rowMeans是base R的一部分。它们很可能是由不同的人开发的，因此可能会略有不同。我可能会建议您在运行函数之前保存行名称并在以后应用它们。

names.of.rows<-rownames(dds)

baseMeanPerLvl <- sapply(levels(dds$sensitive), function(lvl) rowMedians( counts(dds,normalized=TRUE)[,dds$sensitive==lvl]))

rownames(baseMeanPerLvl)<-names.of.rows