Question

我有一个代码试图从桌面获取数据，然后解析到网页，翻译并粘贴翻译为输出

import urllib,urllib2

with open('/path to the data/data.txt') as f:
    lines = f.read().splitlines()
with open('/path to the output/output.txt') as ff:

url = 'http://www.uniprot.org/mapping/'

print "From To"
for genename_id in lines:
    params = {
    'from':'ACC+ID',
    'to':'GENENAME',
    'format':'tab',
    'query':genename_id
    }

    data = urllib.urlencode(params)
    request = urllib2.Request(url, data)
    contact = "" # Please set your email address here.
    request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact)
    response = urllib2.urlopen(request)
    page = response.read(200000)
    ff.write(page.splitlines()[1])

data.txt在

之下

G5E8R3     
Q99MR6-3    
D3YVD3     
G3UZM2     
Q1MWP8     
D3Z2K3     
Q8BZM2     
P09103     
Q9JJG0-3    
Q9R0Q6     
Q3UY11     
Q8C3Z4     
Q3UVN6     
Q80U36     
Q9R1A1

我试图做两件事

1-我希望能够转换数据，如果它不存在，我希望从一个不存在的空间中获得一个空的空间

这样的欲望输出

From       To 
G5E8R3     Pcx
Q99MR6-3    
D3YVD3     Eno2
G3UZM2     Rhoj
Q1MWP8     Ehd4
D3Z2K3     Actg2
Q8BZM2     Anks1b
P09103     P4hb
Q9JJG0-3    
Q9R0Q6     Arpc1a
Q3UY11     Scamp1
Q8C3Z4     Prkar1a
Q3UVN6     Abi2
Q80U36     Dync1h1
Q9R1A1

Answer 1

您的问题与撰写output.txt

的方式有关

您没有使用write权限打开它，这将导致IOError例外。
假设响应页面每次都包含2行输出。您之前应该通过打印响应来测试它，并且看到只有一行，以防转换失败。因此，您需要添加一个测试来检查它。

总之，请考虑下一个代码：

import urllib
import urllib2

with open('/path/to/data.txt') as f:
    lines = f.read().splitlines()
with open('/path/to/output.txt', 'w') as ff:
    url = 'http://www.uniprot.org/mapping/'

    ff.write("From\tTo\n")
    for genename_id in lines:
        params = {
            'from': 'ACC+ID',
            'to': 'GENENAME',
            'format': 'tab',
            'query': genename_id
        }
        data = urllib.urlencode(params)
        request = urllib2.Request(url, data)
        contact = "some@email.addrs"
        request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact)
        response = urllib2.urlopen(request)
        page = response.read()
        ff.write('%s\n' % (page.splitlines()[1] if len(page.splitlines()) > 1 else genename_id))

注意：

我使用'w'作为open文件的output.txt函数的第二个参数，因此我将拥有写入权限。阅读open函数here。
我检查了响应的行长并打印了所需的数据。
我删除了response.read。
我将您撰写的print "From To"更改为ff.write("From\tTo\n")，因此它会显示在output.txt文件中。

如何通过解析进行循环

1 个答案: