net_run的BRATS17参数

时间:2018-01-08 19:21:19

标签: python niftynet

晚上好, 我试图重现Wang等人的结果。使用他们的级联网络与NiftyNet网络。 然而,当试图用以下方式训练CNN时:

net_run train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

它确实启动了brats_segmentation APP并创建了csv但是我得到以下错误:

Traceback (most recent call last):
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/bin/net_run", line 11, in <module>
sys.exit(main())
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/__init__.py", line 114, in main
app_driver.initialise_application(system_param, input_data_param)
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/engine/application_driver.py", line 185, in initialise_application
data_param, app_param, data_partitioner)
TypeError: initialise_dataset_loader() takes from 1 to 3 positional arguments but 4 were given

我不知道如何解决这个问题! 所以每一个帮助都会受到欢迎。最好的问候

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

似乎net_run正在调用brats_segmentation应用程序的旧版本。

使用应用程序的最新型号动物园版本应该有效,请参阅自述文件:https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNetExampleServer/blob/master/anisotropic_nets_brats_challenge_model_zoo.md