R：与字符串向量不匹配的矩阵子集行

Question

我有一个基因表达数据矩阵，其中行是不同的基因，列是样本。

我有一个基因载体，我想从矩阵中过滤掉。使用基本语法很容易创建仅包含这些基因的矩阵：

expression_matrix[excluded_genes,]

但我不知道如何做相反的事情，即从矩阵中删除那些基因，而不是选择它们。我已经四处寻找但没有找到（或理解）能解决这个问题的东西。

Answer 1

希望这有帮助。

# Create data
X <- iris[1:4, ]

X
#  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
#1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
#2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
#3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
#4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa

# Remove the rows one and two
rows_to_remove <- c("1", "2")
X[!rownames(X) %in% rows_to_remove, ]
#  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
#3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
#4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa