“1中的错误：ncol（数据$ x）：在R中使用pamr时长度为0的参数

Question

我正在使用pamr和tring来处理数据，以对微阵列进行预测分析。我在这个包中尝试了一个例子，它运行良好如下。

*x <- matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)

y <- sample(c(1:4),size=20,replace=TRUE)

mydata <- list(x=x,y=y)

mytrain <- pamr.train(mydata)

123456789101112131415161718192021222324252627282930

mycv <- pamr.cv(mytrain,mydata)

1234Fold 1 :123456789101112131415161718192021222324252627282930
Fold 2 :123456789101112131415161718192021222324252627282930
Fold 3 :123456789101112131415161718192021222324252627282930

pamr.predict(mytrain, mydata$x , threshold=1)

 [1] 1 3 1 2 1 3 2 2 4 3 2 1 4 2 3 1 2 1 2 4

Levels: 1 2 3 4*

但是，当我运行这些代码来处理我的数据时，我收到以下错误：

"Error in 1:ncol(data$x) : argument of length 0"

*"z=read.table("shishi.txt",sep="\t",header=T)

mytrain <- pamr.train(Z)

Error in 1:ncol(data$x) : argument of length 0"*

我的数据以包中示例的格式执行，如下所示：

错误是否意味着列中没有参数？如何处理错误？感谢。

Answer 1

来自“pamr”手册：

  

输入数据。包含组分的列​​表：x-表达基因   行，列中的样本）和y-类标签的向量   每个样本。可选组件 - 基因名称，基因名称载体，   和geneid-基因标识符的载体。

在您的示例中，您已在mydata <- list(x=x,y=y)中创建了具有此特征的列表，但未在实际数据使用中创建。

使用z=read.table("shishi.txt",sep="\t",header=T)将表格读入R后，您应该创建一个包含mydata <- list(x=z,y=samplegroups)的列表，其中samplegroups是您的样本组向量。