Question

我正在尝试使用forestmodel的forest_model函数绘制使用生存的coxph（）计算的cox比例风险比模型。

协变量是因子，他们的一些名字中有一个空格即。 “手术切除术”。当我将这些输入到coxph模型中时，我用反引号引用它们，以便R知道忽略空间：

  res.coxm <- coxph(Surv(Survival_Overall, Death == 1) ~ Age+`Surgical Resection`
               +`Intracranial BoD`+`Systemic BoD`+`Treatment prior to CNS involvement`+
                 `Systemic treatment after CNS involvlement`+`Brain-directed radiotherapy`, data = df)

模型运行良好。当我尝试绘制这个模型时，我收到一个错误：

  forest_model(res.coxm, format_options = list(color="black", text_size=4.5))

  Error in grouped_df_impl(data, unname(vars), drop) : Column `Surgical Resection` is unknown

有没有人遇到过这个问题？

如果符合以下条件，情节表格很好 - 我将变量名称更改为“无空间”版本，即“surgical_resection”而不是“Surgical Resection” OR - 如果我将变量从因子更改为整数，但将名称保留为空格

我尝试使用各种不同的列命名函数重新编码我的原始df，包括名称（sd）

有什么想法吗？谢谢！

Answer 1

似乎是重命名列的阻力最小的路径，因此它们没有空格。如果成功，那么您还可以向维护者发送功能请求，要求他/她使包符合R回归函数中的典型编程实践。如果它没有成功，那么你仍然会发送一个内容有些不同的请求。

我也无法通过简单的测试用例重现错误：

test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3), 
               status=c(1,1,1,0,1,1,0), 
               x=c(0,2,1,1,1,0,0), 
               'Sex m f'=c(0,0,0,0,1,1,1)) 

 f <- coxph(Surv(time, status) ~ x + `Sex m f`, test1)
 forestmodel::forest_model(f)

  # no error, plot as expected.

forest_model不接受名称中包含空格的因子变量

1 个答案: