Question

我正在运行GNU parallel。与我在其他分析中的输出不同，这个输出很奇怪。

我的代码：

# set the path of the required program
samtools=/usr/local/apps/samtools/0.1.19-gcc412/samtools
TempDir=/gpfs_common/share03/uncg/bkgiri/apps/temp_files/


# run the process for 4 samples in 4 different cores
parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 ${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

我期待每个输入有4个不同的输出文件，每个输入文件名为realigned_ms01eFiltered.bam，realigned_ms02gFiltered.bam等。
但是，我得到一个名为realigned_{}Filtered.bam的大文件。我之前从未遇到过这个问题。

我也尝试过：

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 '${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam' ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

# which now gives me another type of error

有什么建议吗？

Answer 1

正如@choroba所提到的那样：＆gt;被解释为shell的重定向，即使在并行可以看到它之前。

所以，我找到了最终解决这个问题的两种方法。

方法A：我们可以解释" "中的整个命令，我觉得这在功能上效率更高。

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 "${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam" ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

方法B：或者，我们可以解释" "内的输出。这允许>被解释为文本，当pipedin作为stdin工作而不是重定向时。

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 ${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed ">" realigned_{}Filtered.bam ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

我测试了这两种方法，两种方法都给出了完全相同的结果。所以，任何一个都可以安全地打电话。

谢谢，

GNU parallel将多个文件的输出合并为一个。为什么？

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