所以我正在尝试为ggplot准备我的数据。交配变量是二项式。所以fit3是我想绘制的模型。(假设已经过测试并且没问题)
然后我做了一个总结,它总结了治疗和批号的所有值,并添加了一个总和的列。到现在为止还挺好。我还给这些专栏一个明确的名称。
treatment batch mating total
1 control exp_0 9 24
2 control exp_1 13 23
3 control exp_2 16 24
4 9-tricosene exp_0 1 24
5 C23 blend 1 exp_2 16 24
6 C23 blend 2 exp_1 12 24
7 C23 blend 3 exp_2 8 24
然后我尝试使用我的模型制作预测值,以便我可以使用它在图上创建误差线。但是我得到了错误:
“predict.merMod中的错误(fit3,newdata = data_widematingfig5,interval =“置信度”,:无法计算标准误差和随机效应的预测“
因为随机效应(批号)我无法接收预测但我确实需要,因为批次之间的控制差异很大。 所以我想收到每种处理和批号的预测。
fit3 = glmer(mating ~ treatment + (1|batch),
family = binomial(link = logit),
data = datafig5) #correction for batch.
data_widematingfig5 = summaryBy(mating ~ treatment|batch,
data = datafig5,
FUN = c(sum, length))
data_widematingfig5
colnames(data_widematingfig5) = c("treatment","batch", "mate","total")
data_widematingfig5
predictmatfig5 = predict(fit3,
newdata = data_widematingfig5,
interval = 'confidence',
type="response") * 100
predictmatfig5
p = predict(fit3,
newdata = data_widematingfig5,
interval='confidence',
type="response",
se.fit = TRUE)
predictmatfig4 = p$fit * 100
predictmatfig4le = p$se.fit * 100
predictmatfig4