如何计算ggplot的标准误差和随机效应的预测?

时间:2017-12-23 12:18:29

标签: r ggplot2

所以我正在尝试为ggplot准备我的数据。交配变量是二项式。所以fit3是我想绘制的模型。(假设已经过测试并且没问题)

然后我做了一个总结,它总结了治疗和批号的所有值,并添加了一个总和的列。到现在为止还挺好。我还给这些专栏一个明确的名称。

    treatment batch     mating          total
1     control exp_0          9            24
2     control exp_1         13            23
3     control exp_2         16            24
4 9-tricosene exp_0          1            24
5 C23 blend 1 exp_2         16            24
6 C23 blend 2 exp_1         12            24
7 C23 blend 3 exp_2          8            24

然后我尝试使用我的模型制作预测值,以便我可以使用它在图上创建误差线。但是我得到了错误:

  

“predict.merMod中的错误(fit3,newdata = data_widematingfig5,interval   =“置信度”,:无法计算标准误差和随机效应的预测“

因为随机效应(批号)我无法接收预测但我确实需要,因为批次之间的控制差异很大。 所以我想收到每种处理和批号的预测。

fit3 = glmer(mating ~ treatment + (1|batch), 
             family = binomial(link = logit), 
             data = datafig5) #correction for batch.

data_widematingfig5 = summaryBy(mating ~ treatment|batch, 
                                data = datafig5, 
                                FUN = c(sum, length))
data_widematingfig5

colnames(data_widematingfig5) = c("treatment","batch", "mate","total")
data_widematingfig5

predictmatfig5 = predict(fit3, 
                         newdata = data_widematingfig5,                 
                         interval = 'confidence',
                         type="response") * 100
predictmatfig5

p = predict(fit3, 
            newdata = data_widematingfig5, 
            interval='confidence',
            type="response", 
            se.fit = TRUE)

predictmatfig4 = p$fit * 100
predictmatfig4le = p$se.fit * 100
predictmatfig4

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