运行knit到.Rmd输出时，块无效

Question

问题

尝试将knit包含read_chunk个purl行的 .Rmd 行添加到父 .Rmd 时，这些块不完整，只有表单代码块。我希望能够正常knit输出文件。

代码

main.Rmd

---
output: html_document
---

```{r, include=FALSE}
knitr::read_chunk("script_chunk.R")
```

### Print sessionInfo()

```{r, ref.label='script_chunk', eval=FALSE}
``` 

script_chunk.R

# ---- script_chunk
sessionInfo()

针织

当我使用knit("main.Rmd", "output.Rmd")处理时，会生成以下文件：

---
output: html_document
---



### Print sessionInfo()


```r
sessionInfo()
```

但是，块的所需输出是：

```{r script_chunk}
sessionInfo()
```

当我knit output.Rmd 时，我只得到一个未评估的代码块，因为该块缺少花括号（最好是块名称）。

解决方法

我可以使用readLines来实现我之后的目标，例如：

```{r, results='asis', collapse=TRUE, echo=FALSE}
cat("```{r script_chunk}\n")
cat(paste(readLines("script_chunk.R"), "\n", collapse = ""))
cat("```\n")
```

有更优雅的方法吗？

Answer 1

有一个略微更优雅的解决方案：

# main.Rmd
---
output: html_document
---

### Print sessionInfo()

```{r, results="asis", echo = FALSE}
chunk_lines <- knitr::spin(text = readLines("script_chunk.R"), knit = FALSE)
cat(chunk_lines, sep = "\n")
```

但请记住，就knitr而言，你的输出是明显的Markdown。 knitr只能output to certain formats：LaTeX，Sweave，HTML，Markdown或Jekyll。虽然您的输出文件具有.Rmd扩展名，但其内容是明确的Markdown，因为它是R Markdown文件的默认值。

请注意，输出中所需的所有代码块都必须写为动态输出。这可能会在main.Rmd中留下混淆的代码。

Answer 2

我使用的替代方法是使用knit_child：

• main.Rmd

  ---
  output: html_document
  ---
  
  ```{r, include=FALSE}
  out <- knitr::knit_child("script_chunk.Rmd")
  ```
  
  ### Print sessionInfo()
  ```{r, ref.label='script_chunk'}
  paste(out, collapse = "\n")
  ```
  

• script_chunk.Rmd

  ```{r script_chunk}
  # ---- script_chunk
  sessionInfo()
  ```
  

编译时：

---
output: html_document
---

### Print sessionInfo()

```r
# ---- script_chunk
sessionInfo()
```

```
## R version 3.3.3 (2017-03-06)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
## ... blah blah blah ...
```

思想：

1. out是一个可怕的名字;
2. 我经常使用它来迭代单个子文档（处理一个＆＃34;事物＆＃34;）而不是零或多个事物，因此out可以包含对{{1}的多个调用的连接结果}