X [i]属于哪个群集？

Question

我有一个大数据矩阵X，我使用了Ward的层次聚类的SciPy实现，如下所示：

Z = ward(X.todense())
fig = plt.figure(figsize=(25, 10))
dn = dendrogram(Z)

我现在希望看到X[i]所属的类。我怎么能这样做？

Answer 1

从linkage矩阵Z，您可以获得scipy.cluster.hierarchy.fcluster的群集。

首先，我假设你想要与dendrogram的颜色相同的聚类。从docs我们可以看到color_threshold如果未指定其他内容则设置为0.7*max(Z[:,2])。这就是我们将要使用的。

例如：

from sklearn.datasets import make_classification
from scipy.cluster.hierarchy import linkage, fcluster
X, y = make_classification(n_samples=10)
Z = linkage(X, method='ward')
thresh = 0.7*max(Z[:,2])
fcluster(Z, thresh, criterion='distance')

另见How to get flat clustering corresponding to color clusters in the dendrogram created by scipy