Question

我有基因序列文件，我想更改每个基因的标题。这是输入：

>lcl|CP000046.1_cds_AAW37389.1_1 [gene=dnaA] [locus_tag=SACOL0001] [protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] [protein_id=AAW37389.1] [location=544..1905] [gbkey=CDS]
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA

>lcl|CP000046.1_cds_AAW37390.1_2 [gene=dnaN] [locus_tag=SACOL0002] [protein=DNA polymerase III, beta subunit] [protein_id=AAW37390.1] [location=2183..3316] [gbkey=CDS]
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG

预期产出：

>Saureus1|SACOL0001
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA

>Saureus1|SACOL0002
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG

我知道如何使用sed

删除包含特定单词的行

sed '/^>/ d' inputfile > outputfile

但我没有得到任何想法来获得预期的输出。在这里，在第一部分我应该删除基因标题中的所有文本，除了SACOL00，之后我应该保留fasta sysmbol“＆gt;”与菌株名称。

如果这种问题一再重复，请原谅。

Answer 1

使用GNU sed：

sed -E 's/^>.*locus_tag=([^]]*).*/Saureus1|\1/' file

使用sed：

sed 's/^>.*locus_tag=\([^]]*\).*/Saureus1|\1/' file

请参阅：The Stack Overflow Regular Expressions FAQ

Answer 2

Awk 解决方案：

awk '/^>lcl/{ gsub(/^\[[^=]+=|\]$/,"",$3); printf ">Saureus1|%s\n",$3; next }1' file

输出：

>Saureus1|SACOL0001
ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTCTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTA

>Saureus1|SACOL0002
ATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAAATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATTCTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACATCAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATG

如何删除以特定字符串开头但在该行中保留特定字的行？

2 个答案: