Question

我在Ubuntu 16.04 EC2实例上有一个闪亮的应用程序，我希望能够通过webhook更新它，当有一个推动回购。所以我设置了另一个闪亮的应用程序来接收webook。我知道通过一个闪亮的应用程序执行此操作非常远远不是最佳的，但我只是希望现在能够获得一些东西，然后我会稍后回来找一个更好的解决方案。

所以我将webhook设置为请求某个网址，但目前这并不重要。我在加载页面时遇到的问题是该应用无法通过git pull（或system2运行system。用户闪亮可以成功运行git pull，并且还可以通过R解释器中的git pull或system2命令成功运行system。

这是应用程序的样子：

library(shiny)

setwd("/home/shiny/myrepo")
result <- system2("git", "pull", stdout = TRUE, stderr = TRUE)

ui <- bootstrapPage(
        textOutput("result")
)


# Define the server code
server <- function(input, output) {
        output$result <- renderText(result)
}

# Return a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

加载页面时

Permission denied (publickey).
 fatal: Could not read from remote repository. Please make sure you have the correct access rights and the repository exists.

有什么我不能解释Shiny服务器的运行方式吗？我的ssh密钥存储在keychain中ssh-agent，因此不应该成为问题。我相信，权限在app.R文件和repo上是正确的（闪亮是两者的所有者和组，并且再次，可以从shell和R解释器执行repo上的git pull ）。

我猜测它与Shiny服务器及其访问/home/shiny/.ssh文件夹的能力有什么关系？

Answer 1

您可以通过在窗口中打印信息来明确检查用户。

如果您运行的是default configuration Shiny Server，那么您将在/srv/shiny-server目录下提供任何应用。

尝试将其放入/srv/shiny-server/test-repo-pull/app.R，然后从<your-host>:3838/test-repo-pull

进行访问

library("shiny")

ui <- bootstrapPage(
  actionButton("pull", "Pull Master Branch"),
  verbatimTextOutput("result"),
  tableOutput("user")
)

server <- function(input, output) {

  result <- eventReactive(input$pull, {
    system2("git", "pull origin master", stdout = TRUE, stderr = TRUE)
  })

  output$user <- renderTable({
    info <- Sys.info()
    data.frame(variable = names(info), values = unname(info))
  })

  output$result <- renderPrint({
    result()
  })

}

shinyApp(ui, server)

请注意，您不应在由Shiny Server运行的应用程序中执行setwd，而应明确处理文件的任何临时处理（如果需要）。

更有可能这是与没有public SSH key configured with BitBucket相关的权限问题，您是否已将主目录配置为在/etc/shiny-server/shiny-server.conf（而不是用户shiny）中作为其所有者用户运行？< / p>

在闪亮的应用程序中运行git pull

1 个答案: