Question

我在运行Fedora 27时在RStudio中安装xml2时遇到问题。在运行install.packages('xml2')时，我收到以下错误：

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp2sKZQZ/R.INSTALL689b37bd918d/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我在/usr/lib64/注意到，我只有libicui18n.so.57，所以我尝试在那里复制libicui18n.so.58，我收到以下错误：

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp908Ecf/R.INSTALL653812e0e41f/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicuuc.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我注意到同样的问题 - 我有版本.57，而不是这个库的.58版本。在我一遍又一遍地重复之前，这实际上是一个共享库问题吗？或者，有没有办法立即解决这个问题？

我已经安装了xml2（libxml2-devel-2.9.5-2.fc27.x86_64）。

Answer 1

由于还没有人回答这个问题而且我找到了一个hacky解决方案，我想我会更新有效的方法。

看来我的问题是，即使安装了libxml2-devel，我在/usr/lib64中的库版本也不是RStudio的xml2包所需的版本。例如，关于上述问题中提到的特定包libicuuc.so.58，libicuuc.so.57中只能找到/usr/lib64。

运行locate libicuuc.so.58，我发现anaconda3拥有正确版本的库，所以我只是简单地将~/anaconda3/lib添加到$LD_LIBRARY_PATH，大致跟随{{3}，从而暂时解决了上述问题}}

这有点hacky，但导致安装成功。

修改（重要）：在~/anaconda3/lib中将LD_LIBRARY_PATH添加到.bashrc会导致登录循环，大概是因为Fedora正在尝试使用错误的库。为了解决这个问题，我添加了以下几行：

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/ryi/anaconda3/lib/
export LD_LIBRARY_PATH

到R_HOME/etc/ldpaths。

Answer 2

我已经通过按源安装ICU4C来解决了这个问题：

从ICU-Project
已编译
将库位置添加到$LD_LIBRARY_PATH，

安装将成功。

在Fedora 27中安装R中的xml2

2 个答案: