Question

class RNAtoAA
  def self.rna_convert(rna)
    rna.slice!"AUG"
  end
end

我试过删除“AUG”（我还需要删除2个以上的重复模式）但是它没有产生所需的结果。我也试过.gsub("AUG", "UAA")

Answer 1

string = 'AAAAUG'
RNAtoAA.rna_convert(string)
puts string
# AAA

似乎按预期工作了如果要返回更新的字符串，请使用：

class RNAtoAA
  def self.rna_convert(rna)
    rna.slice!"AUG"
    return rna
  end
end

Answer 2

您需要以块的形式读取文件，以免内存被淹没。此示例创建一个测试文件，并将其用作过滤版本的源。如果你要创建一个千兆字节的大型测试文件，你需要为创建测试文件做同样的事情。如果您的文件包含换行符，则可以通过延迟加载行来更简单，但我会假设它没有。

# create a testfile
patterns = ["AUG", "UAA", "UAG", "UGA","AAA", "BBB", "CCC"]
large_string = ""
1_000_000.times{large_string << patterns.sample}
File.write("rna.dat", large_string)

#read the file, remove some patterns and write in a new file
filtered = ["AUG", "UAA", "UAG", "UGA"]
File.open("filtered.dat", "w") do |out_file|
  File.open("rna.dat", "r") do |in_file|
    while chunk = in_file.read(3)
      # Read small chunks of 3 bytes to limit memory usage
      out_file.write chunk unless filtered.include? chunk
    end
  end
end

如何使用Ruby从大文本中删除几个重复的三元组？

2 个答案: