Rmarkdown / Shiny有效,但不保存.md .html输出

时间:2017-12-11 21:49:37

标签: r shiny rstudio knitr r-markdown

我正在尝试使用闪亮元素制作交互式Rmarkdocument,并将此文件上传到运行Shiny Server的服务器。为了使这个工作,我需要来自(本地)Rstudio的输出,我可以上传(我想我需要.md和.html文件)。

为了说明,这是一个示例脚本:

---
title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r, echo=FALSE}
inputPanel(
  selectInput("n_breaks", label = "Number of bins:",
              choices = c(10, 20, 35, 50), selected = 20),

  sliderInput("bw_adjust", label = "Bandwidth adjustment:",
              min = 0.2, max = 2, value = 1, step = 0.2)
)

renderPlot({
    hist(faithful$eruptions, probability = TRUE, 
    breaks = as.numeric(input$n_breaks),
    xlab = "Duration (minutes)", main = "Geyser eruption duration")

  dens <- density(faithful$eruptions, adjust = input$bw_adjust)
  lines(dens, col = "blue")
})
```

当我按Ctrl + Shift + K编织这个时,我得到一个.md和.html文件的输出(到/tmp/RtmpazfnvB/.knit.md和/ tmp / RtmpazfnvB / file65ab7ab54e0d。 html,分别)。此外,还会弹出一个可用的交互式文档。到现在为止还挺好: Rmarkdown Shiny Output

问题是当我尝试保存输出文件时。

  • 如果我点击“在浏览器中打开”,我会在浏览器中打开一个空标签
  • 如果我将浏览器重定向到/tmp/RtmpazfnvB/file65ab7ab54e0d.html,我会得到一个有效的html,但这没有交互元素
  • /tmp/RtmpazfnvB/.knit.md似乎不存在

其他信息:

  • 使用sudo运行Rstudio并没有改变任何内容,
  • 将/ tmp的权限设置为777并没有改变任何内容
  • 我正在运行Ubuntu 17.10,R版本3.4.0,运行update.packages(ask = FALSE)
  • 添加html_document: keep_md: true仍然不会生成md文件
  • 下面的代码给出了错误&#34;找不到功能&#34; inputPanel&#34;:

    rmarkdown::render(input = "markdown_shiny_test1.Rmd", clean=F, runtime = "shiny", output_dir="~")
    

有谁知道.html / .md创建的问题是什么?非常感谢!

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