Question

使用此字符串：

dna_string
[1] "ACCTGTCATCATCCCGCTCGCTTA"

我正在尝试编写一个将取代＆＃34; T＆＃34;与＆＃34; U＆＃34;并将结果输出为三元组，例如＆＃34; ACC＆＃34; ＆＃34; TGT＆＃34;等等。

我开始编写的函数是：

dna_converter <- function(gsub("T", "U", x=dna_string)){
  rna_triplets <- substring(dna_string, seq(1, 22, 3), seq(3, 24, 3))
  return(rna_triplets)
}

我收到错误，R不会根据需要输出结果。请问你能告诉我这里可能出错的地方吗？

Answer 1

你的函数参数的规范很奇怪 - 我就是这样做的：

dna_string <- "ACCTGTCATCATCCCGCTCGCTTA"
dna_converter <- function(x = dna_string, From = "T", To = "U", By = 3) {
    foo <- nchar(x)
    substring(gsub(From, To, x), 
              seq(1, foo - 1, By), 
              seq(By, foo, By))
}   
dna_converter()
[1] "ACC" "UGU" "CAU" "CAU" "CCC" "GCU" "CGC" "UUA"

Answer 2

您正在尝试将函数体作为函数参数。函数定义为

ext4_mark_iloc_dirty

尝试：

handle_t->h_type

应该清理子串参数，不要指定特定的长度，只是切成3块，但我在手机上，不能在R中试用。稍后会清理这个答案！

编写一个函数以包含gsub用于输入并输出子字符串

2 个答案: