HTML Rmarkdown报告更改图

Question

当我逐行浏览代码时，我得到以下情节：

但是当我将rmarkdown呈现给HTML报告时，情节看起来像这样：

我无法提供可重现的代码来创建绘图，因为代码是我公司的财产。但它们是使用三个函数创建的，第一个添加圆点，第二个为星点添加一个层，最后添加黑色线。

不知何故，当rmarkdown呈现报告时，图的第一层会压缩到底部。

块选项设置为：

{r, echo = FALSE, message = FALSE, results = "asis"}

Answer 1

跟进我的评论，我认为圈数据框中的数据可能会被转换为因子类。我不知道为什么它会在rmarkdown汇编中发生而不是以交互方式发生（假设您以交互方式运行rmarkdown代码块，而不是包含什么的单独脚本相信是相同的代码）。在没有额外灵感的情况下，我们需要查看代码和数据来回答这个问题。现在，这是一个产生类似于问题图的输出的例子：

使用内置mtcars数据设置两个数据框：

data(mtcars)
dat1 = mtcars[1:10,]
dat2 = mtcars[11:20, ]

# Convert the `mpg` and `wt` columns to factor in `dat1` only:
dat1$mpg = factor(dat1$mpg)
dat1$wt = factor(dat1$wt)

# Increase the values of dat2$wt so they'll plot to the right of the values in dat1$wt
dat2$wt = dat2$wt * 10

现在的情节：情节看起来像它的方式，因为dat1中的值被视为分类。所以轴标签等于点的值，但绘制它们的位置（xy坐标）等于整数1到n，其中n是点数。

dat2中的连续值绘制在等于其实际值的位置（即，在它们的＃34;正确的＆＃34;位置），但是没有任何刻度线。

ggplot() +
  geom_point(data=dat1, aes(wt, mpg)) +
  geom_point(data=dat2, aes(wt, mpg)) +
  theme_classic()