如何获得间隙前面的字符以及python中的间隙

Question

我有几个对齐文件。我使用正则表达式使用if re.search（r＆＃34; A-Z [A-Z]＆＃34;，seq）来获取带有间隙的那些：得到带有间隙的序列，例如M -------- A。我的问题是IN PYTHON如何获得前后差距的字符M和A？ 这是我正在使用的文件的示例。谢谢。

  

3ENMA 113E84F72145D181 316 XRAY 2.350 0.215 0.269 no双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶6 [Homo sapiens] || 3ENMB 3ENMC 3ENMD   HHHHDYDIPTTENLYFQGAME ---------------- NFEVKADDLEPIMELGRGAYGVVEKMRHVPSGQIMA   VKRIRATVNSQEQKRLLMDLDISMRTVDCPFTVTFYGALFREGDVWICMELMDTSLGIVKALEHLHSKLSVIHRDVKPSNVLINALGQVKMCDFGISGYLVDDVAKDIDAGCKPYMAPERINPELNQKGYSVKSDIWSLGITMIELAILRFPYDSWGTPFQQLKQVVEEPSPQLPADKFSAEFVDFTSQCLKKNSKERPTYPELMQHPFFT ----------

Answer 1

您希望在包含多个短划线[A-Z]的“间隙”之前和之后捕获大写字母-+。

因此，您的正则表达式应包含([A-Z])-+([A-Z])

要提取两个大写字符，您可以将re.replace与$1和$2一起用作替换字符串的一部分。