Question

我有一些大的geoTIFF，现在我想把它们转换成ASCII文件，在做了一些搜索后，我写了这些代码：

library(raster)

f <- list.files("inputFolder", pattern = "*.tif", full.names = TRUE)
r <- lapply(f, raster)
a <- lapply(r, writeRaster, filename = "output", format = "ascii")

让我感到困惑的是，如何根据原始名称分别命名输出文件？

我试过了：

a <- lapply(r, writeRaster, filename = "outputFolder" + f, format = "ascii")

但我收到了错误：

二元运算符的非数字参数

然后我尝试了：

a <- lapply(r, writeRaster, filename = paste0(f, ".asc"), format = "ascii")

但我收到了：

文件错误（文件名，“w”）：无效的'description'参数In 另外：警告消息：1：在if（filename ==“”）{：条件的长度> 1，只使用第一个元素2：In if（！file.exists（dirname（filename）））{：条件有长度＆gt; 1，只使用第一个元素3：在if中（toupper（x @ file @ name）== toupper（filename））{：条件有长度> 1，只使用第一个元素4：在if中（trim（filename）==“”）{：条件有长度＆gt; 1而且只有第一个元素将被使用5：在if（！file.exists（dirname（filename））） {：条件长度> 1，只有第一个元素 used 6：in if（filename ==“”）{：条件长度＆gt; 1和只使用第一个元素7：In if（！overwrite＆amp; file.exists（filename））{：条件有长度＆gt; 1而且只有将使用第一个元素

Answer 1

我认为你基本上就在那里，有两处更正：

首先，您正在调用writeRaster的副作用（即将文件写入文件系统的能力），因此您无需分配{{1}的输出循环到一个对象。所以，删除lapply()我们有：

a <-

接下来，lapply(r, writeRaster, filename = paste0(f, ".asc"), format = "ascii")参数不会以这种方式循环遍历filename。您有两个选项，其中最简单的可能是使用匿名函数将f @file@name插槽传递给r参数：

filename

您的另一个选择是并行lapply(r, function(x) { writeRaster(x, filename = x@file@name, format = "ascii", overwrite = TRUE) })和r，就像使用f的python一样，可以使用for r, f in...完成：

purrr

我们在这里使用library("purrr") walk2(r, f, function(x, y) { writeRaster(x = x, filename = y, format = "ascii") })而不是walk2()，因为我们需要为副作用调用该函数。这会一起遍历map2()和r，因此您可以传递一个作为要写入的对象，一个作为文件名。

编辑：这是我用来重现问题的代码

Answer 2

要测试如何使用小文件执行此操作：

library(raster)
s <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
writeRaster(s, file='testtif', format='GTiff', bylayer=T, overwrite=T)
f <- list.files(pattern="testtif_..tif")

现在，您可以将f与Phil的好例子结合使用。您还可以将所有步骤合并到一起：

f <- list.files("inputFolder", pattern = "*.tif", full.names = TRUE)
r <- lapply(f, function(i) { writeRaster(raster(i), filename=extension(i, '.asc'), overwrite=TRUE)} )

但是如果你有lapply的麻烦，写一个循环（没关系！）：

for (i in 1:length(f)) {
   r <- raster(f[i])
   ff <- extension(f[i], '.asc')
   writeRaster(r, ff)
}

或者像这样

for (file in f) {
   r <- raster(file)
   ff <- extension(file, '.asc')
   writeRaster(r, ff)
}

如何使用lapply批处理R中的geoTIFF

2 个答案: